Đại biểu Phương Thị Thanh (Bắc Kạn) cho rằng, chính quyền địa phương ở đặc khu gồm có HĐND và UBND với những đổi mới cơ bản về cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm nhằm bảo đảm tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả. Tuy nhiên, việc không tổ chức thường trực HĐND và các ban HĐND cần cân nhắc kỹ. Đồng thời, nhiều nội dung cụ thể cần đưa ngay vào trong luật chứ không nên chờ văn bản hướng dẫn.
Nhiều đại biểu cũng chỉ rõ, vấn đề thu hút đầu tư ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh cần tính toán kỹ để đầu tư có hiệu quả. Khi ưu đãi để thu hút đầu tư cần tính đến ngành, nghề địa phương đang cần để phát triển, tránh sự lãng phí. Tuy nhiên, cần rà soát lại các quy định này tránh tình trạng ưu đãi rất lớn nhưng giá trị gia tăng mà các dự án đầu tư mang lại không cao.
Có ý kiến đề nghị dự thảo Luật quy định rõ chính sách quản lý công dân tại đặc khu, làm rõ người dân sống tại đặc khu có khác gì so với các đơn vị hành chính khác và cách thức quản lý dân cư ở đơn vị hành chính khác khi vào sống tại đặc khu. Bên cạnh đó, nhiều đại biểu băn khoăn về vấn đề sở hữu đất nêu trong dự thảo Luật và đề nghị nên quy định thời hạn thuê đất là 70 năm, chỉ gia hạn hợp đồng thuê đất nếu doanh nghiệp thực hiện tốt các quy định tại địa phương.
