Thông tư áp dụng đối với các cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan đến các hoạt động sử dụng khu vực biển phải nộp tiền sử dụng biển thuộc thẩm quyền giao khu vực biển của Thủ tướng Chính phủ và Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Theo đó, mức thu tiền sử dụng khu vực biển trong vùng biển 6 hải lý và vùng biển liên vùng được quy định như sau: Sử dụng khu vực biển để nhận chìm là 20.000 đồng/m3; Sử dụng khu vực biển để làm cảng biển, cảng nổi, cảng dầu khí ngoài khơi và các cảng, bến khác; làm vùng nước trước cầu cảng, vùng quay trở tàu, khu neo đậu, khu chuyển tải, luồng hàng hải chuyên dùng, các công trình phụ trợ khác; vùng nước phục vụ hoạt động của cơ sở sửa chữa, đóng mới tàu thuyền, xây dựng cảng tàu vận tải hành khách; vùng nước phục vụ hoạt động nhà hàng, khu dịch vụ vui chơi, giải trí, thể thao trên biển; khu neo đậu, trú nghỉ đêm của tàu thuyền du lịch; khai thác dầu khí; khai thác khoáng sản; trục vớt hiện vật, khảo cổ: 7.500.000 đồng/ha/năm.
Mức tiền 7.500.000 đồng/ha/năm cũng được áp dụng cho các hoạt động như: Sử dụng khu vực biển để lắp đặt cáp treo, các công trình nổi, ngầm; Xây dựng hệ thống đường ống dẫn ngầm, lắp đặt cáp viễn thông; Sử dụng khu vực biển để nuôi trồng thủy sản, xây dựng cảng cá; Khai thác năng lượng gió, sóng, thủy triều, dòng hải lưu…
Đối với khu vực biển trong vùng biển từ 6 hải lý cho đến hết vùng biển của Việt Nam, mức thu được quy định như sau: Mức thu tiền sử dụng khu vực biển để nhận chìm trong vùng biển từ ngoài 6 hải lý đến 9 hải lý là 20.000 đồng/m3; trong vùng biển từ ngoài 9 hải lý đến 12 hải lý là 18.500 đồng/m3; trong vùng biển từ ngoài 12 hải lý đến 15 hải lý là 16.500 đồng/m3; trong vùng biển từ ngoài 15 hải lý là 15.000 đồng/m3.
Ngoài ra, mức thu tiền sử dụng khu vực biển để nuôi trồng thủy sản, xây dựng cảng cá trong vùng biển từ ngoài 6 hải lý đến 9 hải lý là 7.000.000 đồng/ha/năm; trong vùng biển từ ngoài 9 hải lý đến 12 hải lý là 6.000.000 đồng/ha/năm; trong vùng biển từ ngoài 12 hải lý đến 15 hải lý là 5.000.000 đồng/ha/năm; vùng biển từ ngoài 15 hải lý là 4.000.000 đồng/ha/năm….
Thông tư cũng nêu rõ, đối với những hoạt động chưa có quy định mức thu tiền sử dụng khu vực biển theo quy định, Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định từng trường hợp cụ thể nhưng không thấp hơn 3.000.000 đồng/ha/năm và không cao hơn 7.500.000 đồng/ha/năm.