Theo Quyết định số 139, quy trình kiểm tra của Bộ Chính trị, Ban Bí thư sẽ gồm 3 bước: chuẩn bị, tiến hành và kết thúc. Cụ thể, bước đầu tiên là thành lập đoàn kiểm tra và xây dựng kế hoạch kiểm tra. Ủy ban Kiểm tra (UBKT) Trung ương căn cứ chương trình, kế hoạch kiểm tra hàng năm; chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư chủ trì, phối hợp với các cơ quan, đơn vị có liên quan tham mưu xây dựng, ban hành quyết định, kế hoạch kiểm tra của Bộ Chính trị, Ban Bí thư, đề cương báo cáo kết quả tự kiểm tra của đối tượng kiểm tra.
Tiếp đó, Bộ Chính trị, Ban Bí thư ban hành quyết định, kế hoạch kiểm tra. Căn cứ tính chất, nội dung kiểm tra quyết định thành phần, số lượng thành viên đoàn kiểm tra. Phân công Ủy viên Bộ Chính trị hoặc Ủy viên Ban Bí thư làm trưởng đoàn kiểm tra. Thời gian kiểm tra không quá 180 ngày, trường hợp cần thiết có thể quyết định gia hạn thời gian nhưng không quá 60 ngày.
Tại bước tiến hành, Đoàn kiểm tra hoặc đại diện Đoàn kiểm tra triển khai quyết định kế hoạch kiểm tra, thống nhất lịch làm việc với đối tượng kiểm tra và đại diện tổ chức đảng quản lý đảng viên (nếu đối tượng kiểm tra là đảng viên); yêu cầu đối tượng kiểm tra chuẩn bị báo cáo theo đề cương gợi ý, cung cấp hồ sơ, tài liệu; chỉ đạo tổ chức, cá nhân có liên quan phối hợp thực hiện. Đối tượng kiểm tra chuẩn bị báo cáo tự kiểm tra bằng văn bản và các hồ sơ, tài liệu có liên quan gửi Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư (qua Đoàn kiểm tra). Đoàn kiểm tra nghiên cứu báo cáo tự kiểm tra, hồ sơ, tài liệu; làm việc với đối tượng kiểm tra và các tổ chức, cá nhân có liên quan. Yêu cầu đối tượng kiểm tra bổ sung, giải trình bằng văn bản những nội dung cần làm rõ (nếu có). Khi cần điều chỉnh, bổ sung về nội dung, thời gian, đối tượng kiểm tra thì Đoàn kiểm tra báo cáo Bộ Chính trị, Ban Bí thư xem xét, quyết định…
Sau đó, Đoàn kiểm tra tiếp tục thẩm tra, xác minh những nội dung chưa rõ hoặc còn có ý kiến khác nhau; hoàn chỉnh dự thảo báo cáo kết quả kiểm tra trình Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư (qua UBKT Trung ương). Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư giao UBKT Trung ương tổng hợp kết quả kiểm tra của các đoàn, phối hợp với Văn phòng Trung ương Đảng gửi dự thảo báo cáo kết quả kiểm tra đến các đồng chí Ủy viên Bộ Chính trị hoặc Ủy viên Ban Bí thư theo Quy chế làm việc.
Tại bước kết thúc, Quyết định 139 nêu rõ sẽ tổ chức hội nghị Bộ Chính trị, Ban Bí thư xem xét, kết luận. UBKT Trung ương báo cáo tổng hợp kết quả kiểm tra của các đoàn, ý kiến của đối tượng kiểm tra và các đề xuất, kiến nghị của các tổ chức, cá nhân có liên quan, sau đó hội nghị thảo luận, kết luận.
Trường hợp kết luận đối tượng kiểm tra vi phạm đến mức phải xem xét, xử lý kỷ luật và tự giác kiểm điểm, tự nhận hình thức kỷ luật thì Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư xem xét, quyết định hoặc báo cáo Ban Chấp hành Trung ương Đảng xem xét, quyết định theo thẩm quyền. Trường hợp đối tượng kiểm tra chưa tự giác, không nhận trách nhiệm thì tiến hành kiểm tra hoặc chỉ đạo UBKT Trung ương tiến hành kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm.
Đại diện Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư thông báo hoặc ủy quyền cho Đoàn kiểm tra thông báo kết luận kiểm tra đến đối tượng kiểm tra và các tổ chức, cá nhân có liên quan để thực hiện.
