Theo hồ sơ vụ án: Do mâu thuẫn về tranh chấp ruộng đất giữa hai miền Nhân Phúc và Thanh Nga thuộc xã Phú Phúc, huyện Lý Nhân tỉnh Hà Nam (cũ), nên khoảng 13 giờ ngày 29-11-1992 nhân dân hai miền đã xảy ra xô xát, ném gạch đá lẫn nhau. Trong thời gian hai bên xô xát, Trần Văn Vót (là bí thư chi bộ 4 Lý Nội, Nhân Phúc ) đã đưa cho Trần Ngọc Thanh 1 quả lựu đạn để ném về phía dân miền Thanh Nga. Do là lần đầu tiên ném lựu đạn nên Trần Ngọc Thanh đã ném vào tốp người của miền Nhân Phúc. Hậu quả làm 1 người chết, 21 người bị thương.
Sau đó, ngày 07-02-1993 Trần Ngọc Thanh nhập ngũ tại Trung đoàn 139 Bộ tư lệnh thông tin. Ngày 12-02-1993 Thanh tự thú với cán bộ chỉ huy cấp Tiểu đội,Trung đôi, Đại đội của trung đoàn 139 về hành vi ném lựu đạn ngày 29-11-1992 và khai Trần Văn Vót là người đưa lựu đạn cho Thanh ném. Quá trình điều tra vụ án, Trần Văn Vót không thừa nhận hành vi đưa lựu đạn cho Trần Ngọc Thanh.
Bản án sơ thẩm số 37/HS/ST ngày 26/02/1994 của Tòa án nhân dân tỉnh Nam Hà đã xử phạt Trần Văn Vót tù chung thân về tội “giết người” 10 năm tù về tội “Phá hoại việc thực hiện các chính sách kinh tế xã hội’, 02 năm tù về tội “ Tàng trữ vũ khí trái phép”, 03 năm tù về tội “Gây rối trật tự công cộng” tổng hợp hình phạt chung là tù chung thân; xử phạt Trần Ngọc Thanh 15 năm tù về tội “ Giết người”
Sau khi xét xử sơ thẩm, Trần Văn Vót kháng cáo kêu oan và Trần Ngọc Thanh kháng cáo xin giảm án hình phạt.
Bản án phúc thẩm số 1030 ngày 27-8-1994 của Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao, giữ nguyên hình phạt với Thanh, thay đổi tội danh và giảm hình phạt cho Vót từ tội “Phá hoại việc thực hiện các chính sách kinh tế xã hội” sang tội “vi phạm các quy định về quản lý và bảo vệ đất đai”, giữ nguyên các hình phạt và tội danh khác đối với Vót.
Tòa án nhân dân tối cao tiếp tục nhận được đơn khiếu nại của bố mẹ Thanh và gia đình người bị hại Trần Văn Việt cho rằng việc điều tra vụ án không khách quan, dẫn đến kết tội oan cho Trần Ngọc Thanh và Trần Văn Vót.
Tòa án nhân dân tối cao đã chuyển đơn khiếu nại này đến vụ Vụ 3 Viện kiểm sát nhân dân tối cao để giải quyết theo thẩm quyền.
Năm 2000,Viện kiểm sát nhân dân tối cao đã nghiên cứu hồ sơ vụ án và thấy rằng Tòa án các cấp kết án Trần Ngọc Thanh và Trần Văn Vót là có căn cứ, không oan.
Ngoài ra, Tòa án nhân dân tối cao còn trả lời đơn cho Trần Ngọc Thanh năm 2007, trả đơn cho ông trần Văn Vấn ( bố của Trần Văn Vót) năm 2010 cũng với nội dung Tòa án các cấp kết án Trần Văn Vót, Trần Ngọc Thanh về tội “Giết người” là đúng pháp luật, không oan.
Tại công văn số 853/VPCTN-PL-m ngày 01/06/2015 của Văn Phòng Chủ tịch nước thông báo ý kiến chỉ đạo:yêu cầu Chánh án Tòa án nhân dân tối cao và Viện trưởng viện kiểm sát nhân dân tối cao chỉ đạo xem xét lại vụ án, giải quyết theo đúng quy định của pháp luât.
Thực hiện chỉ đạo của lãnh đạo cơ quan tố tụng Trung ương, tổ chuyên viên liên ngành đã khẩn trương nghiên cứu các tài liệu của hồ sơ vụ án, trực tiếp điều tra vụ án.
Kết quả tổng hợp các vấn đề đã được thẩm định, xác minh, các cơ quan tiến hành tố tụng ở Trung ương đã kết luận: Các căn cứ mà Tòa án cấp sơ thẩm và Tòa án phúc thẩm áp dụng để kết tội Trần Văn Vót và Trần Ngọc Thanh về tội “Giết người” là có căn cứ đúng pháp luật, không oan.
