Tiểu ban Giám sát do ông Đỗ Xuân Tuyên, Thứ trưởng Bộ Y tế làm Trưởng tiểu ban.
Tiểu ban Điều trị do ông Nguyễn Trường Sơn, Thứ trưởng Bộ Y tế làm Trưởng tiểu ban.
Tiểu ban Truyền thông do ông Nguyễn Mạnh Hùng, Bộ trưởng Bộ Thông tin và Truyền thông làm Trưởng tiểu ban.
Tiểu ban Hậu cần do ông Trương Quốc Cường, Thứ trưởng Bộ Y tế làm Trưởng tiểu ban.
Các Tiểu ban thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo Quyết định số 56/2010/QĐ-TTg ngày 16 tháng 9 năm 2010 của Thủ tướng Chính phủ về việc quy định thẩm quyền thành lập, tổ chức và hoạt động của Ban Chỉ đạo chống dịch các cấp và các nhiệm vụ do Trưởng ban Chỉ đạo giao. Trưởng các Tiểu ban có trách nhiệm bảo đảm các điều kiện hoạt động của Tiểu ban, sử dụng bộ máy của mình để tổ chức thực hiện các nhiệm vụ của Tiểu ban.
