Sau khi vụ việc xảy ra, Hội Nhà báo Việt Nam có văn bản gửi Lãnh đạo Thanh tra Chính phủ; Thanh tra Chính phủ đã có văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ và phúc đáp Ban Thường vụ Hội Nhà báo Việt Nam. Thực hiện chỉ đạo cấp trên, Tổng Thanh tra Chính phủ đã ban hành quyết định thành lập Tổ công tác để kiểm tra đối với ông Nguyễn Minh Mẫn, Quyền vụ trưởng Vụ III về việc các trang mạng xã hội và báo điện tử đăng tải thông tin, cho rằng ông Nguyễn Minh Mẫn đã phát ngôn không đúng khi làm việc với Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh.
Cũng theo ông Lĩnh, ngày 31/8 vừa qua, Thanh tra Chính phủ đã ban hành kết luận kiểm tra việc phát ngôn của công chức.
"Trước hết phải nói rằng, thời gian qua Thanh tra Chính phủ xử lý việc phát ngôn của ông Nguyễn Minh Mẫn là đúng quy định của pháp luật. Nếu như ông Mẫn phát biểu với phóng viên một số báo khẳng định “không xin lỗi” thì đây là phát biểu cá nhân ông Mẫn nhưng theo quy định thì mọi cán bộ, công chức đều phải chấp hành kiểm điểm nghiêm túc kết luận của cấp trên. Việc ông Mẫn không thực hiện kết luận của Tổng Thanh tra, Thanh tra Chính phủ sẽ có các bước tiếp theo để xử lý theo quy định. Tập thể Ban cán sự đảng, lãnh đạo Thanh tra Chính phủ sẽ nghiêm túc triển khai theo đúng kết luận đã ban hành", Người phát ngôn của Thanh tra Chính phủ khẳng định.