Thông tư nêu rõ, đánh giá rủi ro thủy sản sống là hoạt động xác định những rủi ro và tác động bất lợi có thể xảy ra đối với đa dạng sinh học, khả năng lây nhiễm bệnh dịch cho thủy sản bản địa và con người.
Nội dung đánh giá rủi ro thủy sản sản sống nhập khẩu gồm: Đáp ứng quy định liên quan đến an toàn thực phẩm đối với nhập khẩu thủy sản sống làm thực phẩm; khả năng tồn tại, sinh trưởng, phát triển trong điều kiện môi trường Việt Nam và khả năng cạnh tranh thức ăn với các loài bản địa; khả năng trở thành loài xâm hại, có nguy cơ xâm hại, khả năng tái tạo quần đàn trong điều kiện môi trường Việt Nam; khả năng tạp giao giữa loài thủy sản sống nhập khẩu với loài thủy sản bản địa trong điều kiện tự nhiên; nguy cơ phát sinh, phát tán mầm bệnh cho thủy sản bản địa, con người.
Theo Thông tư, các trường hợp cấp phép nhập khẩu thủy sản sống chưa có tên trong Danh mục loài thủy sản được phép kinh doanh tại Việt Nam bao gồm: 1- Cấp phép nhập khẩu thủy sản sống đối với trường hợp phải đánh giá rủi ro: Thủy sản sống lần đầu nhập khẩu để làm thực phẩm, làm cảnh, giải trí; 2- Cấp phép nhập khẩu thủy sản sống đối với trường hợp không phải đánh giá rủi ro: Thủy sản sống nhập khẩu để làm thực phẩm, làm cảnh, giải trí đã được đánh giá rủi ro; thủy sản sống nhập khẩu để nghiên cứu khoa học; thủy sản sống nhập khẩu để trưng bày tại hội chợ, triển lãm.
Về thủ tục cấp phép nhập khẩu thủy sản sống, thông tư nêu rõ, đối với trường hợp phải đánh giá rủi ro, tổ chức, cá nhân gửi 1 bộ hồ sơ đến Tổng cục Thủy sản theo hình thức gửi trực tiếp hoặc gửi qua dịch vụ bưu chính hoặc theo cơ chế một cửa quốc gia, dịch vụ công trực tuyến (nếu có). Trong thời hạn không quá 2 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ, Tổng cục Thủy sản xem xét tính đầy đủ của hồ sơ; nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định, Tổng cục Thủy sản thông báo bằng văn bản cho tổ chức cá nhân. Trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ, Tổng cục Thủy sản thẩm định hồ sơ; nếu hồ sơ không hợp lệ, Tổng cục Thủy sản thông báo bằng văn bản cho tổ chức cá nhân và nêu rõ lý do. Trong thời hạn 30 ngày kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Tổng cục Thủy sản tổ chức thực hiện đánh giá rủi ro theo quy định, cấp Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống kèm theo Kế hoạch kiểm soát thủy sản sống nhập khẩu được phê duyệt. Trường hợp không cấp phép nhập khẩu, Tổng cục Thủy sản trả lời bằng văn bản, nêu rõ lý do. Tổng cục Thủy sản trả Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống trực tiếp tại nơi nhận hồ sơ hoặc qua dịch vụ bưu chính hoặc dịch vụ công trực tuyến hoặc cơ chế một cửa quốc gia.
Đối với trường hợp không phải đánh giá rủi ro, theo Thông tư, tổ chức, cá nhân gửi 1 bộ hồ sơ đến Tổng cục Thủy sản theo hình thức gửi trực tiếp hoặc gửi qua dịch vụ bưu chính hoặc theo cơ chế một cửa quốc gia, dịch vụ công trực tuyến (nếu có). Trong thời hạn không quá 2 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ, Tổng cục Thủy sản xem xét tính đầy đủ của hồ sơ; nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định, Tổng cục Thủy sản thông báo bằng văn bản cho tổ chức cá nhân. Trong thời hạn 7 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Tổng cục Thủy sản cấp Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống kèm theo Kế hoạch kiểm soát thủy sản sống được phê duyệt hoặc phương án xử lý sau khi kết thúc hội chợ, triển lãm được phê duyệt. Tổng cục Thủy sản trả Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống trực tiếp tại nơi nhận hồ sơ hoặc qua dịch vụ bưu chính hoặc dịch vụ công trực tuyến hoặc cơ chế một cửa quốc gia.
Thông tư nêu rõ, hiệu lực của Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống để làm thực phẩm, làm cảnh, giải trí, nghiên cứu khoa học căn cứ trên đề xuất của tổ chức, cá nhân nhập khẩu hoặc kết quả đánh giá rủi ro nhưng không quá 12 tháng kể từ ngày cấp. Hiệu lực của Giấy phép nhập khẩu thủy sản sống để trưng bày tại hội chợ, triển lãm căn cứ trên đề xuất của tổ chức, cá nhân và kế hoạch tổ chức hội chợ, triển lãm nhưng không quá thời điểm kết thúc hội chợ, triển lãm.