Mục tiêu của Đề án nhằm hoàn thiện thể chế kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa, tạo lập hệ thống đòn bẩy khuyến khích hợp lý, ổn định và dài hạn, nhất là ưu đãi về thuế và các biện pháp khuyến khích đầu tư khác, thúc đẩy phân bố và sử dụng nguồn lực xã hội chủ yếu theo cơ chế thị trường vào các ngành, sản phẩm có lợi thế cạnh tranh, nâng cao năng suất lao động, năng suất các yếu tố tổng hợp và năng lực cạnh tranh.
Theo đó, về tái cơ cấu đầu tư, trọng tâm là đầu tư công, sẽ huy động hợp lý các nguồn lực cho đầu tư phát triển, bảo đảm tổng đầu tư xã hội khoảng 30 - 35% GDP, duy trì ở mức hợp lý các cân đối lớn của nền kinh tế như: tiết kiệm, đầu tư và tiêu dùng, ngân sách nhà nước, cán cân thương mại, cán cân thanh toán quốc tế, nợ công và nợ nước ngoài quốc gia... Duy trì tỷ trọng đầu tư nhà nước hợp lý, khoảng 35 - 40% tổng đầu tư xã hội; dành khoảng 20 - 25% tổng chi ngân sách cho đầu tư phát triển.
Về tái cơ cấu hệ thống tài chính - ngân hàng, trọng tâm là các tổ chức tín dụng, trong giai đoạn 2013 - 2015, sẽ tập trung lành mạnh hóa tình trạng tài chính của các tổ chức tín dụng... Cơ cấu lại căn bản, triệt để và toàn diện hệ thống các tổ chức tín dụng để đến năm 2020 phát triển được hệ thống các tổ chức tín dụng đa năng theo hướng hiện đại, hoạt động an toàn, hiệu quả vững chắc với cấu trúc đa dạng về sử hữu, quy mô và loại hình...