Trên thực tế, việc thực hiện chính sách thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất tại các địa phương trong cả nước thời gian qua vẫn tiếp tục phát sinh vướng mắc. Đặc biệt, nhiều địa phương bị phản ánh chậm ban hành hệ số điều chỉnh giá đất (hệ số K), ảnh hưởng trực tiếp đến cơ quan quản lý, người dân, doanh nghiệp cũng như nguồn ngân sách của Nhà nước. Đơn cử, TP Hồ Chí Minh bị phản ánh liên tiếp chậm ban hành hệ số K từ năm 2015 đến nay, làm ách tắc tiến độ cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Để tháo gỡ khó khăn này, Bộ Tài chính tiếp tục trình Chính phủ bổ sung thêm quy định và tổ chức thực hiện trong dự thảo Nghị định của Chính phủ quy định bổ sung về tiền sử dụng đất, tiền thuê đất và tổ chức thực hiện để đảm bảo quyền lợi cho tổ chức, cá nhân được Nhà nước giao đất, cho thuê đất đầu tư sản xuất kinh doanh.
Theo dự thảo này, UBND cấp tỉnh phải ban hành hệ số điều chỉnh giá đất để xác định tính thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất và áp dụng từ ngày 1/1 hàng năm. Thời điểm bắt đầu thực hiện khảo sát giá đất xây dựng hệ số điều chỉnh là ngày 1/10 hàng năm. Các chi phí liên quan đến việc khảo sát giá đất và tổ chức thực hiện (bao gồm cả chi phí thuê tổ chức tư vấn trong trường hợp cần thiết) được chi từ ngân sách… Tại thời điểm xác định tiền sử dụng đất, tiền thuê đất mà địa phương chưa ban hành hệ số điều chỉnh giá đất theo quy định thì áp dụng hệ số điều chỉnh giá đất đã ban hành của năm trước đó. Do đó, UBND cấp tỉnh phải chịu trách nhiệm về việc thất thu ngân sách do chậm ban hành hệ số điều chỉnh giá đất (nếu có).
Về thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, để tránh thất thu cho ngân sách nhà nước, nhất là đối với các thửa đất, khu đất được Nhà nước cho thuê thuộc đô thị, trung tâm thương mại, dịch vụ, đầu mối giao thông, khu dân cư tập trung có khả năng sinh lợi đặc biệt được bổ sung thêm quy định: khi thực hiện dự án đầu tư xây dựng theo quy hoạch (nhưng không chuyển mục đích sử dụng đất sang đất ở) mà có hệ số sử dụng đất (mật độ xây dựng, chiều cao của công trình) cao hơn mức bình quân chung của khu vực, tuyến đường, UBND cấp tỉnh sẽ điều chỉnh tăng hệ số điều chỉnh giá đất để thu tiền thuê đất cho phù hợp.
Ngoài ra, Bộ Tài chính cũng đề xuất miễn giảm tiền thuê đất đối với trường hợp chủ đầu tư thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh kết cấu hạ tầng để thực hiện dự án xây dựng nhà ở cho công nhân theo quy hoạch. Đồng thời, miễn giảm với một số trường hợp được Nhà nước cho thuê đất nhưng không có dự án đầu tư. Trong quá trình quản lý, theo dõi, nếu các cơ quan có thẩm quyền phát hiện người sử dụng đất đã được miễn, giảm tiền thuê đất nhưng không đáp ứng các điều kiện để được miễn, giảm có nguyên nhân từ phía người sử dụng đất hoặc sử dụng không đúng mục đích… thì số tiền thuê đất đã được miễn, giảm phải bị thu hồi.