Tuy nhiên, chất lượng nước sông Sài Gòn từ Hóa An về Cát Lái đang bị ô nhiễm, đặc biệt ô nhiễm vi sinh nghiêm trọng. Các chỉ tiêu ammonia, hữu cơ, vi sinh, mangan… trong nước sông Sài Gòn ngày càng tăng. Điều này gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động sản xuất của các nhà máy nước và có nguy cơ gây mất an toàn cấp nước cho TP HCM trong tương lai.
Trước tình trạng này, Sawaco đang thực hiện nhiều giải pháp kiểm tra, giám sát nghiêm ngặt nguồn nước thô trước khi đưa vào nhà máy. Các nhà máy nước cũng thực hiện các giải pháp, công nghệ xử lý nước hiện đại, có khả năng xử lý tốt các chất ô nhiễm, để đảm bảo nước đầu ra đạt tiêu chuẩn.
