Tuyên bị cáo Phạm Anh Thơ (SN 1963, nguyên Tổ trưởng tổ nông sản) 5 năm tù, Võ Minh Khôi (SN 1989, nguyên nhân viên phòng kế hoạch kinh doanh) 3 năm tù cùng vì tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Đồng thời Tòa đã tuyên cấm các bị cáo này làm các công việc có liên quan trong thời hạn 5 năm kể từ ngày tuyên án. Tòa tuyên phạt Nguyễn Thị Tuyết Nghĩa (SN 1962, nguyên Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty CP Tập đoàn Thịnh Phát Kon Tum) 10 năm tù và Nguyễn Ngọc Thạch (SN 1981, nguyên Phó Tổng Giám đốc) 5 năm tù cùng vì tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.
Mức án mà Tòa tuyên phạt các bị cáo thấp hơn nhiều so với mức đề nghị của VKS. Cụ thể, VKS đã đề nghị mức chung thân đối với bị cáo Nghĩa, Thạch từ 16 đến 18 năm tù và mức án từ 10 năm đến 17 năm tù đối với các bị cáo Thức, Thơ, Thúy và Khôi. Bào chữa cho bị cáo Khôi, Diễm, Thức các luật sư cho rằng các bị cáo không phạm tội vì nếu xét các quy chế mà Tổng Công ty Lương thực Miền Nam đặt ra chỉ được áp dụng trong nội bộ công ty chứ không phải là văn bản vi phạm pháp luật.
Đồng thời các luật sư còn yêu cầu Tòa trả hồ sơ điều tra bổ sung làm rõ vai trò của Dũng để làm cơ sở kết tội đối với các bị cáo. Nếu Dũng không phạm tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” thì yêu cầu tòa đình chỉ vụ án. Luật sư bào chữa cho Thơ và Khôi thì yêu cầu đổi tội danh cho 2 bị cáo thành “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng cho Nhà nước”.
Luật sư đại diện quyền lợi cho bị cáo Nghĩa và Thạch cũng cho rằng 2 bị cáo này không lừa đảo, bởi việc khối lượng hàng tồn kho bị hao hụt chính Dũng cũng biết nhưng Dũng vẫn chấp nhận ký xác nhận mua hàng và yêu cầu chuyển đổi tội thành “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”.
Nhận định đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng đáng lẽ các bị cáo phải bị xử lý nghiêm nhưng xét trong quá trình điều tra các bị cáo đã thành khẩn khai báo, ăn năn hối hận và đã khắc phục một phần hậu quả nên Tòa quyết định tuyên các bị cáo mức án chung thân. Về trách nhiệm dân sự, Tòa tuyên buộc Cty Lương thực Vĩnh Long phải hoàn trả lại cho Cty Thịnh Phát Kon Tum là 264 triệu đồng. Đồng thời, Tòa cũng kiến nghị cơ quan điều tra Bộ Công an tiếp tục điều tra đối với ông Lưu Xuân Bá và ông Lê Văn Cẩn, nguyên Phó Giám đốc Công ty Lương thực Vĩnh Long về hành vi “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo cáo trạng, Công ty Lương thực Vĩnh Long là chi nhánh của Tổng Công ty TNHH MTV Lương thực Miền Nam (100% vốn Nhà nước), được Tổng Công ty giao vốn để thực hiện kinh doanh với mục tiêu kinh doanh có lãi, bảo toàn và phát triển vốn Tổng công ty giao. Năm 2012, thông qua Thức, Dương Lê Dũng (Giám đốc Cty Lương thực Vĩnh Long) và Nghĩa đã ký hợp đồng kinh doanh với nội dung: Cty Vĩnh Long ứng vốn cho Cty Thịnh Phát với lãi suất 6%-8%/năm, đồng thời thu lợi nhuận theo số lượng hàng thực xuất. Từ 8/2/2012 – 6/12/2012 Cty Vĩnh Long đã ký 25 hợp đồng hợp tác kinh doanh với Thịnh Phát và 25 hợp đồng kinh tế (mua bán hàng hóa) làm cơ sở để Thịnh Phát xuất hóa đơn bán hàng cho Cty Vĩnh Long. Đến khoảng đầu tháng 9/2012 Cty Thịnh Phát không có nguồn hàng để giao cho Cty Vĩnh Long. Lúc này, Nghĩa đề nghị Dũng mua 2 kho hàng Kho 332 Sư Vạn Hạnh và kho Diên Bình (Kon Tum) để Nghĩa có tiền thanh toán cho ngân hàng và có hàng bán cho Cty Vĩnh Long. Tuy nhiên, 2 kho hàng nói trên Nghĩa đã mang thế chấp cho ngân hàng và khối lượng hàng hóa tồn trong kho đã bị hao hụt nhiều. Biết rõ khối lượng hàng tồn kho đã bị thất thoát những Nghĩa vẫn chỉ đạo Thạch xác nhận khối lượng hàng tồn trong kho là 39.500 tấn. Dũng, Thức, Anh Thơ có trực tiếp đến kiểm tra 2 kho hàng nhưng chỉ đứng bên ngoài quan sát không kiểm tra chất lượng và khối lượng hàng hóa thực tế còn lại trong kho nên Anh Thơ đã ký với Thạch bản xác nhận khối lượng hàng tồn trong 2 kho theo số liệu mà Cty Thịnh Phát cung cấp. Thúy dưới sự chỉ đạo của Dũng đã chuyển tiền thanh toán cho Cty Thịnh Phát theo đơn hàng đã xác nhận. Sau khi giải chấp số hàng tồn trong kho xuất hết chỉ được khoảng 23.500 tấn.
Sau đó Cty Thịnh Phát tiếp tục nhập hàng về kho 323 để giao cho Cty Vĩnh Long. Nghĩa và Thạch đã chỉ đạo nhân viên nâng khống phiếu cân. Để bù đắp cho số hàng thiếu hụt, Cty Thịnh Phát dùng hàng hóa đã được xác nhận cho các hợp đồng sau để thực hiện cho các hợp đồng trước. Khôi chịu trách nhiệm giám sát nhưng không giám sát đầy đủ số hàng thực nhập vào kho, biết rõ số lượng hàng hóa không đủ nhưng Khôi vẫn ký xác nhận theo đề nghị của Cty Thịnh Phát. Qua đó, Nghĩa và Thạch đã chiếm đoạt của Cty Vĩnh Long trên 79 tỷ đồng. Riêng công Cty Vĩnh Long đã quản lý không chặt chẽ tiền hàng theo từng hợp đồng, không quản lý hàng hóa trong kho không kiểm tra xác nhận đúng thực tế hàng nhập kho chỉ ký xác nhận hàng hóa nâng khống mà Cty Thịnh Phát cung cấp, dẫn đến mất vốn trên 102 tỷ đồng.
Quá trình điều tra đã xác định trong quá trình hoạt động kinh doanh, Dương Lê Dũng biết rõ việc Cty Vĩnh Long tự ý hợp tác với Cty Thịnh Phát là trái nguyên tắc, vượt thẩm quyền những vẫn ký các hợp đồng hợp tác kinh doanh, hợp đồng kinh tế và chỉ đạo các nhân viên thực hiện hành vi vi phạm Quy chế quản lý tài chính, Quy chế quản lý tiền hàng trong mua bán cung ứng hàng hóa dịch vụ của Hội đồng quản trị Tổng Công ty Lương thực Miền Nam. Dũng chính là người giữ vai trò chính, chỉ đạo cấp dưới làm trái, tuy nhiên Dũng đã tự tử trong trại giam nên cơ quan điều tra đã đình chỉ điều tra đối với Dũng.