Năm học 2016 - 2017, Trường PTHT chuyên Nguyễn Trãi được tuyển sinh khối lớp 10 với số lượng 11 lớp chuyên và 1 lớp công lập không chuyên. Trong đó, các lớp chuyên được tuyển không quá 35 học sinh, lớp không chuyên được tuyển không quá 40 học sinh. Tổng cộng số học sinh lớp 10 được tuyển là 425 học sinh.
Theo kết quả tuyển sinh, bảng điểm chuẩn do Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Hải Dương công bố thì lớp chuyên Anh văn có điểm chuẩn cao nhất là 49,9 điểm; lớp chuyên Nga văn có điểm chuẩn thấp nhấp là 34.7 điểm; lớp chuyên Sinh có điểm chuẩn trung bình là 40,2 điểm. Với điểm chuẩn trên và kết quả kỳ thi đã được công bố thì các lớp chuyên đều chốt danh sách tuyển sinh là 33 học sinh, ít hơn chỉ tiêu tối đa 2 học sinh mỗi lớp.
Việc Trường chuyên Nguyễn Trãi tuyển sinh thấp hơn chỉ tiêu tối đa 2 học sinh mỗi lớp khiến cho nhiều học sinh đủ điều kiện trúng tuyển nhưng vẫn bị trượt. Trường hợp học sinh Khổng Văn Hiếu, dự thi vào lớp 10 chuyên Sinh của Trường chuyên Nguyễn Trãi là một ví dụ. Nằm trong danh sách 35 thí sinh có điểm số cao nhất theo thứ tự từ cao xuống thấp của lớp chuyên Sinh, thế nhưng khi Sở GD và ĐT thông báo điểm chuẩn là 40,2 điểm và “chốt” danh sách 33 thí sinh trúng tuyển thì Khổng Văn Hiếu, dù có kết quả thi tốt nhưng vẫn bị trượt.
Theo đơn của gia đình thí sinh gửi UBND tỉnh và Sở Giáo dục và Đào tạo Hải Dương, đề nghị xem xét lại kết quả tuyển sinh thì kết quả các môn thi của em Khổng Văn Hiếu sau khi nhân hệ số theo quy định là 40,05 điểm, với điểm số của các môn thi lần lượt là Toán (8 điểm), Ngữ Văn (5,5 điểm), tiếng Anh (7,8 điểm), Sinh học (6,25 điểm). Với kết quả thi này, nếu Trường chuyên Nguyễn Trãi tuyển đủ 35 học sinh thì Khổng Văn Hiếu là thí sinh thứ 35 đã trúng tuyển vào lớp chuyên sinh và điểm chuẩn của lớp chuyên này đúng ra cũng phải “chốt” ở con số 40,05 điểm.
Theo thông báo về kết quả tuyển sinh của Sở Giáo dục và Đào tạo Hải Dương, tất cả các lớp chuyên chỉ tuyển sinh với số lượng là 33 học sinh. Con số này không trái với quy định về số lượng tối đa học sinh được tuyển cho mỗi lớp khối lớp 10 chuyên của Trường, nhưng lại tạo ra số phận trớ trêu cho 2 suất còn lại. Không riêng gì trường hợp của em Khổng Văn Hiếu, 21 thí sinh khác có kết quả thi tuyển đứng ở số thứ tự 34 và 35 của tất cả các lớp chuyên khối 10 của Trường chuyên Nguyễn Trãi đều chung số phận.
Trường chuyên Nguyễn Trãi chính thức được thành lập vào tháng 9/1984, được coi là trường chuyên duy nhất của bậc THPT của tỉnh Hải Dương giáo dục các học sinh có năng khiếu, những học sinh xuất sắc, tạo điều kiện để các học sinh phát triển tốt ở bậc Đại học. Với kết quả tuyển sinh năm học 2016 - 2017 của Trưởng, nhiều học sinh đã mừng hụt và cũng để lại không ít câu hỏi cần lời giải đáp.