Theo báo cáo của Tổng cục Thủy sản, đến nay, cả nước có 82 cảng cá và 59 khu neo đậu tránh trú bão đã được đầu tư nâng cấp, đi vào hoạt động tại các tỉnh, thành phố ven biển đạt 65% so với quy hoạch, trong đó có 25 cảng cá loại I (20 cảng loại I kết hợp với khu neo đậu tránh trú bão); có 57 cảng cá loại II (có 35 cảng cá loại II kết hợp với khu neo đậu tránh trú bão, trong đó có 4 khu neo đậu tránh trú bão cấp vùng), có khả năng đáp ứng cho 1,8 triệu tấn sản phẩm qua cảng hàng năm. Hiện đã có 9 cảng cá đáp ứng cho tàu cá công suất lớn nhất là 1.000CV và 2 cảng đáp ứng cho tàu cá công suất lớn nhất là 2.000 CV.
Hiện nay, Việt Nam có 109.000 tàu cá đánh bắt trên biển, trong đó khoảng 33.000 tàu cá đánh bắt xa bờ (công suất 90 CV trở lên) nhưng chỉ khoảng 3.000 tàu được lắp thiết bị định vị vệ tinh movimar. Theo quy định mới của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT), Ban Quản lý cảng cá sẽ được giao nhiệm vụ cấp giấy xác nhận nguyên liệu thủy sản. Tuy nhiên, một số cảng cá tại một số địa phương lại không có đủ nhân lực cũng như trang thiết bị hỗ trợ nên việc quản lý còn nhiều khó khăn.
Do vậy, Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam (VASEP) kiến nghị Bộ NN&PTNT có văn bản gửi UBND các tỉnh để có chỉ đạo và hỗ trợ cho các cảng phục vụ việc thực hiện xác nhận nguyên liệu thủy sản; đồng thời, có hướng dẫn cụ thể về việc đăng ký, kiểm tra, xác nhận nguyên liệu tại các khu vực địa phương hoặc không có cảng cá hoặc không có Ban quản lý cảng cá.
Đại diện VASEP cũng kiến nghị Nhà nước cần có sự đầu tư hơn nữa đối với các cảng cá, các cơ sở hậu cần nghề cá, hệ thống dữ liệu quốc gia về nghề cá… Bởi đây là những yếu tố quan trọng để đưa Việt Nam sớm thoát khỏi thẻ vàng của EU cũng như hướng đến phát triển nghề cá bền vững trong thời gian tới.
Luật Thủy sản (sửa đổi) được Quốc hội khóa 14 thông qua ngày 21/11/2017 và có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2019. Luật Thủy sản 2017 đã luật hóa các nội dung liên quan đến chống đánh bắt bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (IUU), các khuyến nghị của EU, được quy định trong các điều và các chương của luật, như: quy định số lượng và phân bổ hạn ngạch giấy phép khai thác của tàu theo nghề trên các vùng biển và phân cấp cho địa phương để cấp phép cho từng tàu cá.
Luật Thủy sản (sửa đổi) cũng quy định các hành vi khai thác IUU và chế tài nghiêm khắc với chủ tàu, thuyền trưởng vi phạm; thu hồi giấy phép đối với cá nhân, tổ chức khai thác trái phép ở vùng biển ngoài Việt Nam; quy định chặt chẽ về điều kiện không cấp lại giấy phép cho tổ chức, cá nhân có tàu cá nằm trong danh sách tàu cá khai thác IUU… Luật Thủy sản sửa đổi cũng đã tăng mức độ xử phạt đối với nhưng cá nhân, tổ chức vi phạm trong hoạt động đánh bắt hải sản bất hợp pháp. Đây là một trong những nỗ lực của Chính phủ, Bộ NN&PTNT cùng các cơ quan ban ngành từ Trung ương đến địa phương để quản lý chặt chẽ lĩnh vực khai thác hải sản và thoát khỏi cảnh cáo thẻ vàng của Liên minh Châu Âu (EU) đối với sản phẩm thủy sản khai thác của Việt Nam.
Tháng 1/2019, Tổng vụ Các vấn đề Biển và Thủy sản (DG-MARE) của Ủy ban Châu Âu (EC) sẽ tiếp tục sang khảo sát, làm việc để đánh giá lại việc khắc phục thẻ vàng của Việt Nam đã triển khai trong thời gian qua. Tuy nhiên, hiện nay công tác tổ chức, quản lý, quy hoạch cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão còn bất cập, hạn chế, chưa có mô hình quản lý chung trong toàn quốc. Ngoài ra, công tác phòng chống cháy nổ tại cảng cá và khu neo đậu tránh trú bão chưa thực sự hiệu quả, thường xuyên xảy ra các vụ cháy nổ tại các cảng biển gây thiệt hại cho ngư dân. Bên cạnh đó, tình trạng ô nhiễm môi trường gây mất an toàn vệ sinh thực phẩm tại cảng cá cần được quan tâm và có các giải pháp xử lý.
Việc phân cấp quản lý cảng cá, bến cá và khu neo đậu tàu thuyền chưa thống nhất giữa các địa phương dẫn đến khó khăn trong công tác điều hành chung, khó thiết lập mối quan hệ giữa các cảng cá trong trao đổi thông tin, trong điều phối hoạt động của tàu ra vào cảng cũng như tổng hợp số liệu định kỳ về sản lượng khai thác cập cảng. Mức đầu tư cho cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão còn thấp, đặc biệt là khu vực ven biển miền Trung là nơi có tần suất bão cao, số lượng tàu thuyền khai thác lớn. Tình trạng các cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão bị quá tải, xuống cấp đã xảy ra ở một số địa phương.
Trong thời gian tới, để đưa Luật Thủy sản sửa đổi đi vào cuộc sống và các chính sách hướng đến sự phát triển lĩnh vực khai thác hải sản một cách bền vững và hiệu quả, phải tăng cường vai trò điều hành, quản lý pháp luật về khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản của lực lượng kiểm ngư; hoàn thiện hệ thống quản lý nghề cá, củng cố lại hệ thống cảng cá và dịch vụ hậu cần nghề cá nhằm kiểm soát các tàu cá khai thác cũng như giảm cường lực khai thác ven bờ, hướng tới tiếp cận theo hệ sinh thái đưa nghề cá trở thành nghề cá hiện đại.