Theo đó, trong quá trình tổ chức Kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021, Bộ GD&ĐT đã ghi nhận một số yếu tố không bình thường liên quan đến việc luyện thi và đề thi môn Sinh học. Tháng 8/2021, lãnh đạo Bộ GD&ĐT đã chỉ đạo kiểm tra vấn đề này, đồng thời Bộ đã chủ động phối hợp cùng cơ quan công an thành lập Tổ công tác liên ngành để xác minh, làm rõ các yếu tố liên quan đến vụ việc. Bộ đã tích cực phối hợp, làm việc cùng cơ quan điều tra của Bộ Công an về vấn đề này.
Kết quả xác minh, điều tra về vụ việc cho thấy có dấu hiệu vi phạm trong công tác xây dựng ngân hàng câu hỏi và ra đề thi môn Sinh học Kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021.
Ngày 10/6/2022, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Theo đó, cơ quan công an đã khởi tố bị can đối với bà Phạm Thị My (59 tuổi, cựu giáo viên Đại học Sư phạm Hà Nội) và ông Bùi Văn Sâm (73 tuổi, cựu giáo viên Đại học Sư phạm Hà Nội) cùng tội danh như trên.
Hiện Bộ GD&ĐT đang tiếp tục phối hợp với Bộ Công an xem xét trách nhiệm cá nhân, tổ chức có liên quan để xử lý theo quy định của pháp luật. Lãnh đạo Bộ Bộ GD&ĐT đã triển khai rà soát, điều chỉnh các khâu có liên quan, tăng cường công tác chỉ đạo, kiểm tra tới tất cả các khâu của Kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2022, hướng tới mục tiêu kỳ thi được triển khai chặt chẽ, hiệu quả, an toàn.
Trước đó, sự việc trùng đề thi được thầy Đinh Đức Hiền, giáo viên Toán - Sinh phát hiện hồi tháng 7/2021. Theo phản ánh, đề thi tốt nghiệp THPT 2021 môn Sinh học có nhiều phần trùng lặp với nội dung ôn tập cho học sinh của thầy Phan Khắc Nghệ, Hiệu phó trường THPT chuyên Hà Tĩnh.
Trong tổng số 40 câu của từng mã đề thô được chọn có 39 câu trùng (chiếm tỉ lệ 97,5%) với các câu trong nội dung ôn tập của thầy Phan Khắc Nghệ.
Trong số 39 câu trùng nói trên thì có 37 câu trùng ở cả 4 mã đề (chiếm 94,87%). Các chuyên gia cũng chỉ ra sự bất thường, đặc biệt là một câu về diễn thế sinh thái (câu số 106 đề thô được chọn) có ở cả 4 mã đề là câu ra ngoài chương trình với dạng đồ thị chưa từng có trong sách giáo khoa.
Tuy vậy, câu hỏi này cũng xuất hiện trong video của thầy Nghệ; trong tổng số 40 câu của từng mã đề duyệt chốt có 37 câu trùng (chiếm tỉ lệ 92,5%) với các câu trong nội dung ôn tập của thầy Phan Khắc Nghệ.