Theo Bộ Quốc phòng, Chính phủ ban hành Nghị định số 33/2014/NĐ-CP ngày 26/4/2014 về tổ chức và hoạt động của Thanh tra quốc phòng (Nghị định số 33/2014/NĐ-CP). Việc ban hành Nghị định số 33/2014/NĐ-CP là căn cứ, cơ sở pháp lý, tạo hành lang pháp luật rất quan trọng trong việc hoàn thiện hệ thống tổ chức và nâng cao hiệu quả hoạt động của ngành Thanh tra quốc phòng.
Qua 9 năm thực hiện Nghị định số 33/2014/NĐ-CP, chất lượng, hiệu quả công tác thanh tra quốc phòng ngày càng được nâng lên rõ rệt. Tổ chức các cơ quan Thanh tra quốc phòng được xây dựng thành hệ thống từ Thanh tra Bộ Quốc phòng đến các cơ quan, đơn vị trong toàn quân; công tác tuyển chọn đội ngũ cán bộ vào ngành luôn được chú trọng, hầu hết cán bộ được đào tạo cơ bản, có trình độ đại học trở lên, đã trải qua các cương vị lãnh đạo, chỉ huy, có nhiều kinh nghiệm hoạt động thực tiễn tại các cơ quan, đơn vị khác nhau, phát huy tốt trách nhiệm, góp phần hoàn thành nhiệm vụ chính trị của Quân đội.
Qua thanh tra đã kịp thời phát hiện những hạn chế, bất cập trong công tác quân sự, quốc phòng; kiến nghị chấn chỉnh, xử lý nghiêm những trường hợp sai phạm; tham mưu đề xuất với Quân ủy Trung ương, Bộ Quốc phòng khắc phục những sơ hở trong thể chế, chính sách hiện hành và nhiều nội dung quan trọng khác. Qua đó, góp phần củng cố, xây dựng sức mạnh chiến đấu của Quân đội và nền quốc phòng toàn dân; đấu tranh phòng ngừa vi phạm pháp luật và phòng, chống tham nhũng trong Quân đội.
Cũng theo Bộ Quốc phòng, quá trình thực hiện Nghị định số 33/2014/NĐ-CP đã bộc lộ một số hạn chế, bất cập gây khó khăn trong tổ chức thực hiện, cụ thể:
Tại những nơi chưa có cơ quan thanh tra (khoản 1 Điều 8), Nghị định chưa quy định rõ vị trí cán bộ kiêm nhiệm công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, tiếp công dân và phòng chống tham nhũng, tiêu cực nên thời gian qua chỉ huy các cơ quan, đơn vị nơi không có cơ quan thanh tra phân công cán bộ kiêm nhiệm tham mưu giúp thực hiện nhiệm vụ này còn thiếu thống nhất, hiệu quả chưa cao.
Cần làm rõ hơn cụm từ "tương đương" tại điểm h khoản 1 Điều 9 (Thanh tra quân đoàn, binh chủng và tương đương). Theo đó, cần làm rõ cụm từ "tương đương", bao gồm: Thanh tra binh đoàn; Tập đoàn Công nghiệp - Viễn thông Quân đội; Bộ đội Biên phòng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh.
Trên thực tế, các cơ quan, đơn vị "tương đương" nêu trên đang hoạt động rất hiệu quả nhưng vì chưa được quy định trong Nghị định số 33/2014/NĐ-CP ảnh hưởng đến việc xác định tính pháp lý trong quá trình hoạt động nghiệp vụ thanh tra.
Bên cạnh đó, Nghị định số 33/2014/NĐ-CP chưa quy định tổ chức cơ quan thanh tra đối với Bộ chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, do đó chưa đáp ứng được yêu cầu thực hiện nhiệm vụ.
Bộ Quốc phòng cho biết, sau khi thành lập Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, Thanh tra Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển được thành lập theo Quyết định số 729/QĐ-TM ngày 11/5/2010 của Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam, nhưng Thanh tra Cảnh sát biển chưa được quy định tổ chức và hoạt động trong Nghị định số 33/2014/NĐ-CP.
Ngày 15/8/2017, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 1198/QĐ- TTg về việc thành lập Bộ Tư lệnh Tác chiến không gian mạng (Bộ Tư lệnh 86). Để phù hợp với sự phát triển đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, đòi hỏi Bộ Tư lệnh 86 cần có quy định về tổ chức và hoạt động của cơ quan thanh tra để tham mưu, giúp Tư lệnh Bộ Tư lệnh 86 trong quản lý, chỉ đạo và thực hiện công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, tiếp công dân và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực.
Ngày 14/11/2022, Quốc hội đã ban hành Luật Thanh tra số 11/2022/QH15 thay thế Luật Thanh tra năm 2010 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2023 với nhiều quy định mới được bổ sung như: về việc thành lập Thanh tra Tổng Cục, Cục thuộc Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và Thanh tra sở; về hoạt động thanh tra: Luật quy định các bước tiến hành cuộc thanh tra gồm: chuẩn bị thanh tra, tiến hành thanh tra và kết thúc thanh tra; quy định về thẩm định dự thảo Kết luận thanh tra và giám sát hoạt động đoàn thanh tra; về việc ban hành Kết luận thanh tra, trong đó đã có những quy định cụ thể chặt chẽ hơn về việc báo cáo trước khi ban hành kết luận thanh tra, khắc phục tình trạng chậm ban hành kết luận thanh tra; về xử lý chồng chéo, trùng lặp trong hoạt động thanh tra và giữa hoạt động thanh tra và hoạt động kiểm toán nhà nước...
Bộ Quốc phòng thấy rằng, việc xây dựng Nghị định thay thế Nghị định số 33/2014/NĐ-CP về tổ chức và hoạt động của Thanh tra quốc phòng là rất cần thiết, nhằm hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, nâng cao hiệu quả công tác quản lý nhà nước, nhất là về lĩnh vực thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, tiếp công dân và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực của Bộ Quốc phòng.
Ngoài ra, Bộ Quốc phòng cũng cho biết, dự kiến sẽ trình Chính phủ xem xét, cho ý kiến và ban hành Nghị định vào quý IV năm 2024.