Theo đó, phạm vi giải quyết công việc của Ban Chỉ đạo tuân thủ theo quy định của pháp luật về phòng, chống khủng bố, chống phổ biến vũ khí huỷ diệt hàng loạt; sự chỉ đạo, hướng dẫn của Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia và quy định tại Quy chế này; phối hợp chặt chẽ với cơ quan, tổ chức có liên quan, các đơn vị thuộc Bộ Tư pháp trong việc thực hiện công tác phòng, chống khủng bố, chống phổ biến vũ khí huỷ diệt hàng loạt.
Ban Chỉ đạo hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm, làm việc theo nguyên tắc tập thể, đảm bảo sự phối hợp chặt chẽ giữa các thành viên. Ban Chỉ đạo quyết định các vấn đề thuộc nhiệm vụ, quyền hạn thông qua các cuộc họp định kỳ, đọt xuất hoặc thông qua lấy ý kiến các thành viên. Ban Chỉ đạo họp định kỳ 06 tháng một lần hoặc đột xuất theo yêu cầu của Trưởng Ban Chỉ đạo. Hàng năm, tiến hành kiểm tra công tác phòng, chống khủng bố, chống phổ biến vũ khí huỷ diệt hàng loạt của cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Tư pháp theo quy định.
Bên cạnh đó, định kỳ 06 tháng một lần hoặc theo yêu cầu của Trưởng Ban Chỉ đạo, các thành viên Ban Chỉ đạo thông tin, báo cáo (bằng văn bản, email, điện thoại) về tình hình thực hiện nhiệm vụ thông qua Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo. Hàng năm hoặc đột xuất theo yêu cầu, Cơ quan Thường trực của Ban Chỉ đạo tổng hợp tình hình hoạt động của Ban Chỉ đạo để tham mưu với Trưởng Ban Chỉ đạo báo cáo Bộ trưởng, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia và các cơ quan có thẩm quyền.
