Luật Đầu tư năm 2014 đã có nhiều điểm mới mang tính đột phá điều chỉnh hoạt động đầu tư, nhờ đó đã góp phần thúc đẩy sự gia nhập thị trường của các tổ chức kinh tế trong nước và tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài. Song, hiện nay một số quy định đã bộc lộ sự hạn chế, tạo ra các “rào cản” pháp lý, hạn chế tính khả thi, ảnh hưởng không nhỏ đến quyền, lợi ích và trách nhiệm của nhà đầu tư, trong đó có quy định về thủ tục cấp GCNĐKĐT cho các dự án đầu tư tại Việt Nam.
Cụ thể, hiện nay pháp luật còn có sự xung đột trong việc cấp GCNĐKĐT. Luật Đầu tư năm 2014 đã có những quy định nhằm cải cách mạnh thủ tục đầu tư theo hướng thay thủ tục thẩm tra cấp Giấy chứng nhận đầu tư đối với lĩnh vực đầu tư có điều kiện bằng thủ tục đăng ký cấp GCNĐKĐT và không yêu cầu lấy ý kiến thẩm tra của bộ, ngành. Cùng với đó, hồ sơ đăng ký đầu tư được giảm thiểu đáng kể theo hướng không yêu cầu nhà đầu tư phải chuẩn bị các tài liệu như giải trình kinh tế - kỹ thuật, giải trình đáp ứng điều kiện… để tạo thuận lợi và giảm thời gian, thủ tục cho nhà đầu tư.
Tuy nhiên, trên thực tế, một số văn bản quy phạm pháp luật (VBQPPL) được ban hành trước thời điểm Luật Đầu tư năm 2014 có hiệu lực vẫn yêu cầu thực hiện một số thủ tục khác trong quá trình cấp GCNĐKĐT. Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp, nhà đầu tư và cơ quan đăng ký đầu tư. Cụ thể, theo khoản 2 Điều 25 Luật Bảo vệ môi trường năm 2014 thì quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường là căn cứ để cấp có thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư dự án hoặc cấp GCNĐKĐT.
Theo nhiều ý kiến đánh giá, việc yêu cầu nhà đầu tư thực hiện thủ tục phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường trước thời điểm quyết định chủ trương đầu tư hoặc cấp GCNĐKĐT là không phù hợp với thực tế triển khai dự án đầu tư vì tại thời điểm này, nhà đầu tư mới đề xuất địa điểm và chưa có dự án đầu tư được phê duyệt nên không đủ căn cứ để lập báo cáo. Sự xung đột giữa các VBQPPL như vậy có nguy cơ tạo rủi ro rất lớn về chi phí đầu tư cho nhà đầu tư trong trường hợp dự án đầu tư không được chấp thuận vì những lý do không liên quan đến môi trường hoặc buộc phải thay đổi địa điểm.
Do đó, để hạn chế những ảnh hưởng do sự xung đột giữa các quy định pháp luật nêu trên đồng thời để đáp ứng yêu cầu cải cách hành chính trong thủ tục cấp GCNĐKĐT trong giai đoạn hiện nay, cần rà soát các quy định về đầu tư được quy định tại Luật Đầu tư, Luật Bảo vệ môi trường, Luật Đất đai, Luật Bất động sản… nhằm kịp thời phát hiện những thiếu sót, tránh trường hợp chồng chéo. Đặc biệt, cần bổ sung thống nhất về thời điểm quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của cơ quan có thẩm quyền, về thành phần hồ sơ cấp GCNĐKĐT đảm bảo thuận lợi cho doanh nghiệp, nhà đầu tư.