Dự án Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt là dự án luật quan trọng, nhằm thể chế hóa chủ trương của Đảng và Nhà nước về xây dựng một số đặc khu kinh tế để tạo cực tăng trưởng và thử nghiệm thể chế phát triển vùng có tính đột phá, đồng thời thể chế hóa Hiến pháp năm 2013 về Đơn vị hành chính – kinh tế đặc biệt (Đơn vị).
Theo Nghị quyết phiên họp Chính phủ chuyên đề về xây dựng pháp luật tháng 8/2017, Chính phủ thống nhất thông qua dự án Luật, giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Văn phòng Chính phủ, Bộ Tư pháp, Bộ Nội vụ nghiên cứu tiếp thu ý kiến Thành viên Chính phủ tại Phiên họp này, chỉnh lý dự án Luật về một số nội dung.
Cụ thể, về nguyên tắc áp dụng pháp luật: Bảo đảm tuân thủ Hiến pháp năm 2013, có thể chế, chính sách ưu đãi vượt trên các luật hiện hành, có khả năng cạnh tranh, thích ứng cao với yêu cầu hội nhập quốc tế; trong đó cần có một số chính sách ưu đãi cao hơn các đặc khu kinh tế, khu kinh tế tự do trong khu vực nhằm thu hút đầu tư. Có quy định cho phép áp dụng Luật này đối với các Đơn vị được Quốc hội thành lập sau khi Luật này có hiệu lực, bảo đảm tính ổn định của Luật.
Về áp dụng pháp luật nước ngoài và giải quyết tranh chấp tại tòa án nước ngoài, do đây là vấn đề liên quan đến chủ quyền pháp lý và quyền tài phán quốc gia, Chính phủ thống nhất báo cáo Quốc hội hai phương án để Quốc hội xem xét, quyết định.
Về tổ chức chính quyền Đơn vị, thống nhất phương án tổ chức chính quyền Đơn vị theo mô hình Trưởng Đơn vị do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, không tổ chức Hội đồng nhân dân; quy định phân cấp cho Trưởng Đơn vị một số thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ, các Bộ, Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh; bổ sung quy định cơ chế giám sát của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh đối với Trưởng Đơn vị; tổ chức và hoạt động của các cơ quan: Tòa án, Kiểm sát, Thi hành án là cấp đặc biệt, có đủ thẩm quyền trong hoạt động tư pháp, tố tụng.
Về nguồn vốn đầu tư cho Đơn vị, quy định kết hợp các nguồn hỗ trợ có mục tiêu của ngân sách trung ương và để lại hợp lý nguồn tăng thu của Đơn vị để đầu tư hạ tầng thiết yếu ban đầu.
Các Bộ, cơ quan liên quan có trách nhiệm chủ động phối hợp chặt chẽ với Bộ Kế hoạch và Đầu tư trong việc hoàn thiện các quy định tại dự thảo Luật liên quan đến phạm vi quản lý nhà nước được phân công. Bộ Kế hoạch và Đầu tư khẩn trương chỉnh lý, hoàn thiện dự án luật, bảo đảm tiến độ, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước khi trình Quốc hội dự án Luật này; phối hợp chặt chẽ với các Ủy ban của Quốc hội trong quá trình tiếp thu, hoàn thiện dự án Luật; các vấn đề lớn, vượt thẩm quyền báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.