Theo đó, mô hình tổ chức hiện tại Đường sắt Việt Nam có 3 đơn vị kinh doanh dịch vụ vận tải đường sắt gồm Công ty CP Vận tải đường sắt Hà Nội, Công ty CP Vận tải đường sắt Sài Gòn và Công ty CP Vận tải và thương mại đường sắt (Ratraco). Hai công ty CP Vận tải đường sắt Hà Nội và Sài Gòn kinh doanh cả vận tải hàng hóa và hành khách đường sắt, riêng Công ty Ratraco chỉ kinh doanh vận tải hàng hóa đường sắt.
Nhằm nâng cao hiệu quả hoạt động sản xuất kinh doanh vận tải hàng hóa, hành khách đường sắt, HĐQT công ty trình Đại hội cổ đông chủ trương hợp nhất 2 công ty CP Vận tải đường sắt Hà Nội và Sài Gòn và xây dựng phương án hợp nhất 2 công ty khi Đề án cơ cấu lại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Hiện Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã trình Đề án tái cơ cấu lên Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp, chờ phê duyệt.
Hiện, Công ty CP Vận tải đường sắt Hà Nội đang hoạt động kém hiệu quả, nhất là sau dịch Covid-19. Dự kiến tổng doanh thu năm 2020 của đơn vị này chỉ đạt hơn 1.630 tỷ, bằng 63% so với năm 2019, trong khi tổng chi phí phải chi hơn 1.900 tỷ. Như vậy, lợi nhuận trước thuế và lợi nhuận sau thuế được dự báo âm hơn 300 tỷ.
