Theo Kết luận thanh tra, ngoài những ưu điểm, việc cổ phần hóa Công ty TNHH MTV Hãng phim truyện Việt Nam vẫn còn tồn tại một số hạn chế, khuyết điểm sau:
Việc xây dựng, ban hành Kế hoạch và tiến độ thực hiện cổ phần hóa Công ty sau 01 năm và lựa chọn đơn vị tư vấn sau 06 tháng kể từ khi có Quyết định thành lập Ban Chỉ đạo là chưa đảm bảo tiến độ theo Kế hoạch như Quyết định số 926/QĐ-BVHTTDL ngày 31/3/2014 của Bộ trưởng Bộ VHTT&DL.
Ban Chỉ đạo cổ phần hóa không thực hiện việc lựa chọn đơn vị tư vấn định giá doanh nghiệp và tư vấn cổ phần hóa, để Công ty lựa chọn là chưa thực hiện đúng thủ tục theo Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011, chưa thực hiện đầy đủ thủ tục theo Luật Đấu thầu 2013 về chỉ định thầu được hướng dẫn thực hiện tại Điều 56 Nghị định số 63/2014/NĐ-CP ngày 26/6/2014.
Công ty thực hiện việc ký kết hợp đồng với 02 đơn vị tư vấn: định giá doanh nghiệp và cổ phần hóa chưa tuân thủ theo mẫu hợp đồng được quy định tại Thông tư số 06/2010/TT-BKHĐT ngày 09/3/2010.
Việc Hãng phim truyện Việt Nam ký các hợp đồng cho thuê nhà, đất tại số 4 Thụy Khuê, Tây Hồ, Hà Nội; góp vốn liên doanh bằng quyền sử dụng đất và đồng ý cho đối tác (Công ty TNHH Xây dựng Thương mại và Du lịch Sài Gòn) quản lý điều hành hoạt động cho thuê văn phòng hoặc thuê các công ty, tổ chức chuyên nghiệp quản lý điều hành tại số 6 Thái Văn Lung, phường Bến Nghé, quận 1, Tp Hồ Chí Minh là sai mục đích sử dụng, trái thẩm quyền quy định tại Điều 107, Điều 111 Luật đất đai năm 2003 và Điều 170, Điều 175 Luật Đất đai năm 2013.
Trong quá trình quản lý sử dụng 04 cơ sở nhà, đất, Hãng phim truyện Việt Nam chưa thực hiện các thủ tục pháp lý về đất đai. Đến thời điểm kiểm tra (30/10/2017), Hãng phim truyện Việt Nam chưa thực hiện các thủ tục để ký tiếp hợp đồng thuê đất đối với 02 cơ sở nhà, đất tại số 4 Thụy Khuê, quận Tây Hồ, Hà Nội và số 6 Thái Văn Lung, phường Bến Nghé, quận 1, Tp Hồ Chí Minh (riêng phần diện tích nhà Thủy phi cơ đã hoàn thiện các thủ tục pháp lý).
Liên quan đến phương án sử dụng đất, Thanh tra khẳng định: Đến thời điểm kiểm tra (30/10/2017), Công ty được Bộ Tài chính và UBND thành phố Hà Nội thống nhất để tiếp tục sử dụng đối với 02 cơ sở nhà, đất mà Công ty đang sử dụng gồm: số 46 ngõ 151 Hoàng Hoa Thám, quận Ba Đình và tại xã Uy Nỗ, huyện Đông Anh, Hà Nội. Đối với 02 cơ sở: số 4 Thụy Khuê và số 6 Thái Văn Lung chưa được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Như vậy, Công ty chưa có phương án sắp xếp lại, xử lý các cơ sở nhà, đất được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của Thủ tướng Chính phủ và chưa xử lý dứt điểm quyền sở hữu tài sản và quyền sử dụng đất của doanh nghiệp trước khi thực hiện xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa. Tuy nhiên, theo quy định tại điều 31 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/07/2011 đã được sửa đổi, bổ sung theo khoản 6 điều 1 Nghị định số 189/2013/NĐ-CP ngày 20/11/2013 của Chính phủ thì Công ty lựa chọn hình thức giao đất, thuê đất trả tiền hàng năm không phải tính tiền thuê đất vào giá trị doanh nghiệp.
Việc xây dựng phương án sử dụng đất: Tại phương án cổ phần hóa và chuyển Công ty TNHH MTV Hãng phim truyện Việt Nam thành Công ty cổ phần, Hãng phim truyện Việt Nam xây dựng phương án sử dụng đất trong đó bao gồm cả toàn bộ diện tích 1.208m2 tại khu đất số 6 Thái Văn Lung, quân 1, Tp Hồ Chí Minh và toàn bộ khu đất tại số 4 Thụy Khuê, quận Tây Hồ, Hà Nội khi chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Ngày 30/12/2015, Bộ VHTT&DL ban hành Quyết định số 4654/QĐ-BVHTTDL phê duyệt Phương án cổ phần hóa và chuyển Công ty TNHH MTV Hãng phim truyện Việt Nam thành Công ty cổ phần, trong đó chưa phê duyệt phương án sử dụng đất. Phương án sử dụng đất được thực hiện sau khi có ý kiến thỏa thuận của Bộ Tài chính và các quy định của pháp luật về đất đai. Như vậy, Bộ VHTT&DL phê duyệt phương án cổ phần hóa và chuyển Công ty TNHH MTV Hãng phim truyện Việt Nam thành Công ty cổ phần khi chưa có Quyết định phê duyệt phương án sử dụng đất. Đến thời điểm kiểm tra (30/10/2017), Hãng phim truyện Việt Nam đang trong quá trình hoàn thiện các thủ tục, hồ sơ pháp lý về sở hữu các cơ sở nhà, đất để làm căn cứ xây dựng phương án sử dụng đất trình cơ quan có thẩm quyền xem xét, quyết định.
Về việc quản lý, theo dõi, hạch toán công nợ phải thu, phải trả tại Công ty, Thanh tra kết luận còn chưa đúng quy định.
Đối với việc xác định lại giá trị thương hiệu, Thanh tra khẳng định: Căn cứ vào giá trị lịch sử và bề dày truyền thống theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ đã được Bộ VHTT&DL tổ chức thực hiện, tuy nhiên, chưa xác định được giá trị thương hiệu cụ thể của Hãng phim.
Liên quan đến việc chọn lựa và bán cổ phần cho nhà đầu tư chiến lược, Kết luận Thanh tra cũng cho thấy còn có nhiều hạn chế, sai sót...