Mặc dù BLHS năm 2015 chỉ giới hạn phạm vi chịu trách nhiệm của pháp nhân trong nhóm tội phạm về kinh tế và môi trường, song các quy định mới này được đánh giá là sẽ có tác dụng tích cực trong việc chống và phòng ngừa tội phạm do pháp nhân thương mại thực hiện. Theo đó, “mọi hành vi phạm tội của pháp nhân thương mại thực hiện phải được phát hiện kịp thời, xử lý nhanh chóng, công minh theo đúng pháp luật”. Ngoài ra, nguyên tắc bình đẳng trước pháp luật, không phân biệt hình thức sở hữu và thành phần kinh tế được áp dụng đối với mọi pháp nhân thương mại khi thực hiện hành vi phạm tội.
Có điều, để có thể áp dụng pháp luật chính xác, một số quy định đòi hỏi phải được giải thích, hướng dẫn rõ ràng. Một chuyên gia pháp luật hình sự cho biết, điểm bất cập là do hình phạt chung chưa được xác định đầy đủ và rõ ràng trong Điều 86 BLHS 2015 nên rất khó khăn khi áp dụng Điều 87 quy định về thời hạn chấp hành hình phạt chung được trừ đi thời hạn chấp hành hình phạt của bản án trước đối với hình phạt đình chỉ hoạt động có thời hạn, cấm kinh doanh, cấm hoạt động trong một số lĩnh vực, cấm huy động vốn. Khó khăn tương tự cũng đặt ra với trường hợp pháp nhân đang chấp hành bản án lại thực hiện hành vi phạm tội mới.
Bên cạnh đó, một nội dung khác nhận được nhiều sự quan tâm là vấn đề xóa án tích với pháp nhân thương mại được ghi nhận tại Điều 89 BLHS 2015. Thời hạn xóa án tích là 2 năm kể từ khi “chấp hành xong hình phạt chính, hình phạt bổ sung, các quyết định khác của bản án hoặc từ khi hết thời hiệu thi hành bản án mà pháp nhân thương mại không thực hiện hành vi phạm tội mới”. Theo một giảng viên Trường Đại học Luật Hà Nội, quy định thời hạn chung cho pháp nhân thương mại mà không phụ thuộc vào loại và mức hình phạt pháp nhân bị kết án làm phát sinh một bất cập liên quan tới hình phạt đình chỉ hoạt động vĩnh viễn.
Cụ thể, nếu pháp nhân thương mại bị áp dụng hình phạt đình chỉ hoạt động vĩnh viễn về toàn bộ hoạt động thì vấn đề xóa án tích không đặt ra bởi pháp nhân thương mại không còn tồn tại nữa. Nhưng khi pháp nhân thương mại hoạt động trong nhiều lĩnh vực, bị áp dụng hình phạt đình chỉ hoạt động vĩnh viễn về một lĩnh vực, liệu có đặt ra vấn đề xóa án tích không, nếu có thì thời hạn xóa án tích cho pháp nhân thương mại đó được tính như thế nào? Hơn nữa, khi cá nhân được xóa án tích, cơ quan quản lý cơ sở dữ liệu lý lịch tư pháp có trách nhiệm cập nhật và cấp Phiếu lý lịch tư pháp xác nhận không có án tích. Còn đối với pháp nhân khi được xóa án tích, sẽ được giải quyết ra sao cũng cần có hướng dẫn chi tiết, tạo thuận lợi cho việc áp dụng pháp luật trên thực tế.