Thông tin ban đầu, khoảng 5h30 cùng ngày, 2 phụ nữ điều khiển xe máy qua lối đi tự mở giao cắt với đường sắt không có gác chắn. Thời điểm này, tàu SE4 chạy hướng Hà Nam - Hà Nội khi đến Km 15+800 khu giao Thường Tín - Văn Điển đã va chạm với xe máy của 2 phụ nữ trên.
Tại hiện trường, xe máy của 2 nạn nhân bị văng xa, biến dạng. Tai nạn xảy ra khi trời rét, tầm nhìn hạn chế do trời chưa sáng rõ.
Nạn nhân được xác định là chị L.T.K.T. (sinh năm 1989) và N.T.S. (sinh năm 1991, cùng quê ở huyện Thường Tín), là cán bộ một bệnh viện trên địa bàn.
Sau khoảng 20 phút dừng lại giải quyết vụ việc, hiện trường đã được thu dọn phục vụ công tác điều tra, đoàn tàu tiếp tục khởi hành lúc 5h50 cùng ngày.