Còn 3 hạng mục công trình chưa đủ điều kiện nghiệm thu, tổng thầu đang chỉnh sửa và khắc phục các tồn tại về phần kiến trúc. Đến nay dự án đã giải ngân được 14.737/15.131 tỷ đồng, đạt 81,9%. Riêng trong năm 2020 khối lượng giải ngân là 555,2 tỷ đồng, bằng 29%.
Báo cáo nêu ra vấn đề bất đồng lớn nhất giữa chủ đầu tư và tổng thầu là việc tổng thầu đòi thêm 50 triệu USD (hơn 1.100 tỷ đồng) để vận hành hệ thống và thanh toán toàn bộ trước khi bàn giao. Về vấn đề này, Ban quản lý dự án Đường sắt (Ban quản lý) đã báo cáo Bộ GTVT và nêu rõ việc thanh toán phải tuân thủ theo quy định hợp đồng EPC. Hai bên thống nhất sẽ tiếp tục nghiên cứu, rà soát trong vòng 15 ngày các điều khoản hợp đồng và tổ chức họp để trao đổi, thống nhất.
Ban quản lý cũng đã rà soát hiện trạng, số lượng hồ sơ chưa đủ điều kiện nghiệm thu và cần phải hoàn thiện thủ tục pháp lý. Tổng thầu phải bố trí nhân sự hoàn thiện hồ sơ, các hạng mục xây dựng (kiến trúc các nhà ga và đơn thể depot) và các tồn tại về phần thiết bị. Tư vấn cũng được yêu cầu khẩn trương rà soát, có ý kiến dứt điểm với các vấn đề tồn tại.
