Về thủ tục giải quyết yêu cầu bồi thường, Dự thảo quy định cụ thể trình tự, thủ tục, thời hạn giải quyết bồi thường tại cơ quan giải quyết bồi thường (giảm từ 125 ngày xuống còn trên 50 ngày). Đồng thời, bổ sung quy định về việc hoãn, tạm đình chỉ và đình chỉ việc giải quyết bồi thường để bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của người bị thiệt hại, không làm ảnh hưởng đến hoạt động của cơ quan nhà nước.
Đặc biệt, Dự thảo Luật quy định, đối với trường hợp người yêu cầu bồi thường có yêu cầu tạm ứng kinh phí bồi thường thì cơ quan giải quyết bồi thường có trách nhiệm thực hiện việc tạm ứng kinh phí để chi trả một phần khoản tiền bồi thường có thể tính được ngay cho người bị thiệt hại; Dự thảo Luật bỏ quy định về kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ đề nghị cấp kinh phí bồi thường của cơ quan tài chính có thẩm quyền, thay vào đó, quy định trong quá trình thương lượng, đại diện cơ quan tài chính cùng cấp với cơ quan giải quyết bồi thường, cơ quan quản lý nhà nước về công tác bồi thường nhà nước, Viện kiểm sát (trong hoạt động tố tụng) là thành phần bắt buộc tham gia để bảo đảm việc thương lượng được thống nhất ngay từ đầu, khách quan, minh bạch.
Việc bỏ quy định kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ đề nghị cấp kinh phí bồi thường nhằm giảm bớt các thủ tục hành chính trong việc giải quyết bồi thường. Trên cơ sở biên bản tổng hợp kết quả thương lượng, cơ quan giải quyết bồi thường có trách nhiệm ra quyết định giải quyết bồi thường. Quyết định giải quyết bồi thường có hiệu lực pháp luật là căn cứ để cơ quan tài chính có thẩm quyền cấp kinh phí.
Dự thảo Luật bổ sung quy định về việc phục hồi danh dự cho người bị thiệt hại theo hướng quy định cụ thể hình thức tiến hành phục hồi danh dự, thủ tục, thời hạn thực hiện tổ chức trực tiếp xin lỗi, cải chính công khai và đăng báo xin lỗi, cải chính công khai nhằm khắc phục tình trạng tổ chức xin lỗi, cải chính công khai qua loa, chiếu lệ, không thống nhất; nhanh chóng khắc phục một phần tổn thất về tinh thần cho người bị thiệt hại.
ĐB Lê Minh Chuẩn (Quảng Ninh) nhận xét Dự thảo đã khắc phục được cơ bản các điểm hạn chế của Luật năm 2009 như quy định rõ hơn về cơ quan giải quyết bồi thường, trách nhiệm của người thi hành công vụ gây thiệt hại, giảm bớt thủ tục giải quyết bồi thường. Tuy nhiên, ĐB đề nghị làm rõ giá trị phải bồi thường và các chi phí khác phải trả do không thực hiện được giao dịch dân sự, kinh tế của người bị thiệt hại có được coi là thiệt hại được bồi thường hay không. ĐB Trần Thị Quốc Khánh (Hà Nội) cũng cho rằng thủ tục giải quyết bồi thường phải gọn, dễ cho người bị oan, chứ không thể đặt ra nhiều thủ tục khó khăn, khiến phải xin - cho. ĐB Khánh cũng đồng ý quy định cơ quan nào làm sai thì cơ quan đó phải có trách nhiệm bồi thường, như vậy sẽ không làm phát sinh đầu mối, cũng tránh tình trạng “quýt làm cam chịu”.
Thẩm tra Dự án Luật, Ủy ban Pháp luật của Quốc hội đề nghị các quy định về trình tự, thủ tục bồi thường cần đảm bảo đơn giản, thuận tiện, chặt chẽ, đúng pháp luật. Để tạo điều kiện thuận lợi cho người bị thiệt hại trong việc lựa chọn hình thức giải quyết yêu cầu bồi thường, cần nghiên cứu bổ sung quy định cá nhân, tổ chức bị thiệt hại khi đã có văn bản làm căn cứ yêu cầu bồi thường thì có quyền lựa chọn hoặc khởi kiện yêu cầu bồi thường tại Tòa án hoặc giải quyết theo trình tự, thủ tục quy định tại Luật này. Quy định này tạo cơ chế hữu hiệu để bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của cá nhân, tổ chức, thể hiện đúng tính chất của Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa của nhân dân, do nhân dân, vì nhân dân
Tổng kết 6 năm thi hành Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước, bên cạnh những kết quả đạt được, Bộ Tư pháp cũng nhìn nhận: quy định về trình tự, thủ tục giải quyết bồi thường còn nhiều hạn chế, thủ tục hành chính rườm rà, thời hạn giải quyết không phù hợp, chưa tạo điều kiện cho cơ quan giải quyết bồi thường chủ động ra quyết định giải quyết bồi thường đối với thiệt hại đã rõ ràng, tính được ngay theo quy định của pháp luật nên chưa kịp thời đảm bảo quyền lợi của người bị thiệt hại dẫn đến nhiều trường hợp người bị thiệt hại thiếu tin tưởng, không thực hiện quyền yêu cầu bồi thường mà dễ dàng thỏa hiệp khi cơ quan, người gây thiệt hại có sự thỏa thuận.
Hơn nữa, Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước chưa có quy định cụ thể về trình tự, thủ tục, trách nhiệm của cơ quan có trách nhiệm bồi thường trong việc thực hiện xin lỗi, cải chính công khai. Vì vậy, việc xin lỗi, cải chính công khai và đăng báo của cơ quan có trách nhiệm bồi thường đối với người bị thiệt hại thực hiện chưa thống nhất, còn thực hiện qua loa, chiếu lệ gây bức xúc cho người bị thiệt hại và xã hội.
