Bên cạnh việc ghi nhận những nỗ lực và bước tiến đáng kể của Việt Nam trong công tác đấu tranh, ngăn chặn vi phạm về ĐVHD cũng như nâng cao nhận thức của cộng đồng về bảo vệ ĐVHD, ENV đồng thời xác định nhiều thách thức lớn vẫn còn tồn tại như việc xóa bỏ triệt để các đường dây buôn bán ĐVHD xuyên quốc gia và nghiêm trị những đối tượng cầm đầu.
Từ năm 2017 đến nay, mới chỉ có 5 trên tổng số khoảng 20 đối tượng cầm đầu các đường dây buôn bán ĐVHD xuyên quốc gia có quy mô lớn bị bắt giữ và xử lý.
Trong nhiều vụ án thu giữ hàng tấn ĐVHD nguy cấp, quý, hiếm tại khu vực cảng, không có đối tượng nào bị đưa ra xét xử hoặc đối tượng bị xử lý chỉ đóng vai trò thứ yếu trong hoạt động vận chuyển, buôn bán ĐVHD trái phép.
Những vấn đề này đòi hỏi các cơ quan thực thi pháp luật ở Trung ương và địa phương cần tập trung nhiều nguồn lực, nâng cao hiệu quả hợp tác quốc tế và sử dụng các phương pháp, cách thức phù hợp để điều tra, xử lý các vụ việc buôn bán, vận chuyển ĐVHD lớn, đặc biệt tại khu vực cảng cũng như phát hiện và truy cứu trách nhiệm hình sự các đối tượng cầm đầu để triệt phá hoàn toàn những đường dây buôn bán ĐVHD lớn đang làm giàu bất chính từ đa dạng sinh học nước nhà.
Bên cạnh đó, tiếp tục đề xuất ban hành danh mục các loài ĐVHD được phép nuôi thương mại tại Việt Nam như một giải pháp cấp thiết trước mắt để giải quyết tình trạng nhập lậu và hợp pháp hóa ĐVHD có nguồn gốc bất hợp pháp.
Một vấn đề “nhức nhối” khác cũng được đề xuất là việc ngăn chặn sự du nhập và phát triển của các sinh vật cảnh ngoại lai. Chỉ riêng năm 2023, đã ghi nhận hơn 316 vụ vi phạm với khoảng 19.320 cá thể ĐVHD ngoại lai bị buôn bán hoặc nuôi nhốt. Việc buôn bán trái phép các loài ngoại lai là mối đe dọa tiềm ẩn với đa dạng sinh học và sức khỏe con người nên đòi hỏi cơ quan chức năng cần ưu tiên quan tâm xử lý.