Theo hồ sơ vụ án, khoảng 19h ngày 26.6.2005, vợ chồng anh Sơn, chị Liễu (đăng ký thường trú tại huyện Tân Yên - Bắc Giang) phát hiện con gái là Nguyễn Thị Yến (sinh năm 2000) bị mất tích.
Sáng hôm sau, có người phát hiện xác của cháu Yến tại mương nước ngoài đồng. Khám nghiệm hiện trường và tử thi cho thấy âm đạo cháu bị rách.
Sau gần 4 tháng không tìm ra thủ phạm, Cơ quan điều tra (CQĐT) Công an tỉnh Bắc Giang tạm đình chỉ điều tra vụ án và kêu gọi dân tố giác tội phạm.
Tháng 10/2005, CQĐT nhận được đơn tố cáo của bà Ngô Thị Khuyến (SN 1930) và con gái của bà Khuyến là Trương Thị Năm (SN 1960) đều tố cáo bị ông Long về hành vi hiếp dâm. Điều đáng nói, cả hai người này từng có mâu thuẫnvới ông Long do tranh chấp đất đai. CQĐT lập tức bắt giam ông Long để điều tra.
Hồ sơ điều tra cũng cho biết tại cơ quan điều tra Hàn Đức Long thú nhận hành vi hiếp dâm mẹ con bà Khuyến. Đồng thời thú nhận hành vi hiếp dâm và giết hại cháu Yến.
Tại phiên tòa sơ thẩm do TAND tỉnh Bắc Giang tổ chức, ông Hàn Đức Long đã bị tuyên án tử hình. Sau đó, ông Long có kháng cáo, Tòa Phúc thẩm TAND Tối cao xử phúc thẩm tuyên y án tử hình.
Sau bản án phúc thẩm, Hội đồng Thẩm phán TAND Tối cao đã quyết định hủy 2 bản án sơ thẩm, phúc thẩm để điều tra lại từ đầu.
Đến năm 2011, TAND tỉnh Bắc Giang xử sơ thẩm lần hai và Tòa Phúc thẩm TAND Tối cao xử phúc thẩm lần hai vẫn giữ nguyên phán quyết tử hình đối với Hàn Đức Long.
Đến ngày 29.7.2009, TAND Tối cao đã ra Quyết định Giám đốc thẩm vụ án số 09/2009/HS-GĐT tuyên huỷ 2 bản án đã xử trước đó”.
Ngày 9/5/2014 Chánh án TANDTC đã kháng nghị hủy án phúc thẩm và sơ thẩm do vi phạm nghiêm trọng về tố tụng và nội dung, ảnh hưởng trực tiếp đến việc kết án Hàn Đức Long.
Đây là lần thứ hai bản án tử đối với Hàn Đức Long bị Chánh án TANDTC kháng nghị, đề nghị hủy án khi mà bị án này đang chờ thi hành án.
Lần kháng nghị trước, Hội đồng Giám đốc thẩm đã có quyết định hủy Bản án hình sự phúc thẩm số 504/2007/HSPT ngày 25/6/2007 của Tòa Phúc thẩm TANDTC tại Hà Nội và Bản án hình sự sơ thẩm số 05/2007/HSST ngày 31/1/2007 của TAND tỉnh Bắc Giang; chuyển hồ sơ vụ án cho VKSNDTC để điều tra lại theo thủ tục chung.
Lý do Bản án phúc thẩm và Bản án sơ thẩm bị hủy được đưa ra là: “Tòa án cấp sơ thẩm và Tòa án cấp phúc thẩm chỉ căn cứ vào lời khai nhận tội ban đầu của bị cáo, chưa phân tích, đánh giá một cách khách quan, toàn diện các chứng cứ khác có liên quan đến hành vi phạm tội của bị cáo; nhiều tài liệu do cơ quan điều tra thu thập còn mâu thuẫn với lời khai nhận tội; nhiều chứng cứ quan trọng chưa được điều tra, làm rõ”.
Sau đó, quá trình điều tra xét xử lại thì Hàn Đức Long vẫn bị TAND tỉnh Bắc Giang và Tòa Phúc thẩm TANDTC tại Hà Nội tuyên án tử hình. Bản án kết luận Long là hung thủ hiếp và giết cháu Nguyễn Thị Yến (sinh năm 2000) vào chiều tối ngày 26/6/2005 tại cánh đồng thôn Yên Lý. Khi chờ đến lượt mình xay xát thóc, Long đã đi bộ sang quán bán hàng nhà cháu Y. gần đó rồi bế cháu Y. đưa ra đồng hãm hiếp và… thủ tiêu. Xong việc, Long chạy về và tiếp tục vào xát gạo.
Tháng 4/2016, cơ quan cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bắc Giang hoàn tất bản kết luận điều tra lại vụ án Hàn Đức Long và đề nghị truy tố hai tội: Giết người và Hiếp dâm trẻ em.
Ngày 25/8/2016, VKSND tỉnh Bắc Giang đã có quyết định trả hồ sơ cho Công an tỉnh Bắc Giang điều tra bổ sung vụ án Hàn Đức Long bị khởi tố về tội giết người và hiếp dâm trẻ em. Quyết định nêu rõ thời hạn điều tra không quá hai tháng kể từ khi CQĐT nhận lại hồ sơ vụ án.
Ngày 20/12/2016, Viện VKSND tỉnh Bắc Giang đã ra quyết định đình chỉ vụ án, đình chỉ bị can, trả tự do cho ông Hàn Đức Long. Liên ngành tòa án, Viện kiểm sát và Công an tỉnh Bắc Giang đã họp xác định, cho đến thời điểm hiện tại, không đủ căn cứ để kết tội ông Hàn Đức Long, phải trả tự do cho ông Hàn Đức Long.
Điều đáng nói,tuy bị kết án tử hình do có hành vi “Hiếp dâm trẻ em” và “Giết người” nhưng các cơ quan tiến hành tố tụng vẫn xác định Long không phạm tội “Hiếp dâm” đối với hai mẹ con bà Khuyến. Đồng thời, bị cáo này tố rằng, trong quá trình bị tạm giữ liên quan đến đơn tố giác của mẹ con bà Khuyến, đã bị các Điều tra viên đánh đập, ép phải nhận tội hiếp và giết cháu Yến.
