Công trình được thiết kế dựa trên hình tượng “Con dấu chủ quyền của đất nước Việt Nam”, là nơi lưu giữ 300 tài liệu và hiện vật theo 5 chủ đề: Vị trí địa lý và điều kiện tự nhiên của quần đảo HS; Hoàng Sa trong thư tịch cổ của Việt Nam trước thời nhà Nguyễn; Hoàng Sa trong thư tịch cổ ở thời nhà Nguyễn (1802- 1945); Bằng chứng chủ quyền của VN đối với Hoàng Sa từ năm 1945- 1974; Và Bằng chứng chủ quyền của Việt Nam đối với Hoàng Sa từ năm 1974 đến nay.
Ông Võ Ngọc Đồng, Giám đốc Sở Nội vụ TP Đà Nẵng kiêm Chủ tịch UBND huyện Hoàng Sa cho biết, công trình nhà trưng bày Hoàng Sa là thiết chế văn hóa, lịch sử có ý nghĩa chính trị rất quan trọng, như một dấu mốc chủ quyền để khẳng định, minh chứng sinh động, trực quan về quá trình khai phá, xác lập, bảo vệ chủ quyền của Việt Nam đối với quần đảo Hoàng Sa một cách thực sự, liên tục và hòa bình; phù hợp thực tiễn, luật pháp quốc tế.
Ông Huỳnh Đức Thơ, Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng xúc động: “Có thể nói rằng không có nơi nào xây dựng Nhà trưng bày Hoàng Sa phù hợp hơn TP. Đà Nẵng, bởi khi lịch sử đã giao cho Đà Nẵng thay mặt cả nước liên tục quản lý toàn bộ quần đảo Hoàng Sa gần 60 năm qua”.