Theo thống kê của Tổng cục Hải quan, hiện ngành Hải quan đã có 73/168 thủ tục hành chính được cung cấp dịch vụ công trực tuyến mức độ 3 và mức độ 4. Tuy nhiên, để đảm bảo yêu cầu thực hiện Nghị quyết 36a/NQ-CP về Chính phủ điện tử, Bộ Tài chính yêu cầu các đơn vị thuộc, trực thuộc Tổng cục Hải quan, hết năm 2016 phải cung cấp dịch vụ công trực tuyến cho 46 thủ tục, và năm 2017 thực hiện cho 49 thủ tục còn lại để toàn bộ thủ tục hành chính trong lĩnh vực hải quan được cung cấp ở mức độ 3 và mức độ 4 (mức độ cao nhất ở Việt Nam hiện nay).
Mặt khác, các cơ quan Hải quan phải xây dựng hệ thống thông tin để tiếp nhận và xử lý hồ sơ thủ tục hành chính bằng phương thức điện tử đảm bảo đầy đủ các quy định của pháp luật về giá trị pháp lý của chứng từ điện tử, chữ ký điện tử (chữ ký số).
Bên cạnh đó, Bộ Tài chính yêu cầu cơ quan Hải quan sử dụng chứng từ điện tử thuộc hồ sơ hành chính theo các nguyên tắc: Cơ quan Hải quan sử dụng chứng từ điện tử thuộc các bộ hồ sơ thủ tục hành chính và thông tin trên các hệ thống tin để kiểm tra, xử lý theo quy định.
Trường hợp hồ sơ thủ tục hành chính có các chứng từ (chứng từ phải xuất trình cho cơ quan Hải quan theo quy định; chứng từ theo quy định phải có xác nhận của cơ quan Hải quan để trả cho đối tượng thực hiện thủ tục hành chính) cơ quan Hải quan phải thông báo trên hệ thống thông tin để người thực hiện nộp bổ sung chứng từ giấy trước khi trả kết quả.
Trường hợp hồ sơ có chứng từ không thể chuyển đổi được dưới dạng điện tử, cho phép doanh nghiệp được gửi chứng từ giấy đến cơ quan Hải quan, các chứng từ khác được thực hiện dưới dạng điện tử.
Sau khi tiếp nhận đầy đủ, cơ quan Hải quan kiểm tra, xử lý theo đúng quy định. Mục tiêu được Tổng cục Hải quan đặt ra là phấn đấu đến năm 2017, 100% dịch vụ công được cung cấp trực tuyến tối thiểu mức độ 3, trong đó 70% dịch vụ công thuộc các lĩnh vực cốt lõi của ngành Hải quan được cung cấp trực tuyến mức độ 4.
Một số thủ tục liên quan mật thiết, được công đồng doanh nghiệp quan tâm nhiều (đang được thực hiện ở cấp độ 1, cấp độ 2) sẽ được áp dụng mức dịch vụ công trực tuyến cao nhất có thể kể đến như thủ tục xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế; thủ tục miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, xóa nợ…
Tổng cục Hải quan nhận định: việc triển khai đồng bộ dịch vụ công trực tuyến ở cấp độ cao nhất sẽ tạo thêm một bước tiến trong nỗ lực phục vụ cộng đồng doanh nghiệp, người dân của cơ quan Hải quan. Việc thực hiện các giao dịch trực tuyến ở cấp độ 4 sẽ giúp doanh nghiệp thuận lợi, tiết kiệm chi phí nhờ giảm thời gian đi lại.