Cụ thể, một là, các trường hợp không xử phạt theo quy định tại Điều 11 Luật Xử lý VPHC năm 2012 gồm: Hàng hóa, phương tiện vận tải được đưa vào lãnh thổ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng thì phải thông báo với cơ quan hải quan hoặc cơ quan có thẩm quyền khác theo quy định của pháp luật; hàng hóa, phương tiện vận tải đó phải được đưa ra khỏi lãnh thổ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam sau khi các yếu tố nêu trên được khắc phục. Hai là, các trường hợp được khai bổ sung hồ sơ hải quan trong thời hạn theo quy định tại Khoản 4 Điều 29 Luật Hải quan năm 2014 không bị xử phạt vi phạm hành chính.
Ba là, các trường hợp người khai hải quan thực hiện theo văn bản hướng dẫn, quyết định xử lý của cơ quan có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế theo quy định tại Khoản 11 Điều 16 Luật Quản lý thuế.
Bốn là, trường hợp hàng hoá gửi vào Việt Nam không phù hợp với hợp đồng theo quy định tại Điều 39 Luật Thương mại năm 2005 (trừ hàng hóa cấm nhập khẩu, tạm ngừng nhập khẩu, hàng giả, phế liệu không thuộc Danh mục được phép nhập khẩu làm nguyên liệu sản xuất) nhưng đã được người gửi hàng, người vận tải, người nhận hàng hoặc người đại diện hợp pháp của người gửi hàng, người vận tải, người nhận hàng thông báo bằng văn bản (nêu rõ lý do) kèm theo các chứng từ liên quan tới Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa khi chưa đăng ký tờ khai Hải quan.
Về hình thức xử phạt, đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực Hải quan, tổ chức, cá nhân bị áp dụng một trong các hình thức xử phạt chính là cảnh cáo hoặc phạt tiền. Phạt cảnh cáo áp dụng đối với cá nhân từ đủ 14 tuổi đến dưới 16 tuổi có hành vi vi phạm quy định tại Nghị định này.
Mức phạt tiền đối với cá nhân, tổ chức được quy định cụ thể như sau: Mức phạt tiền quy định tại Nghị định này là mức phạt tiền đối với tổ chức, mức phạt tiền đối với cá nhân bằng ½ mức phạt tiền đối với tổ chức; Mức phạt tiền đối với hành vi vi phạm quy định tại Điều 10 Nghị định này là mức phạt tiền đối với cá nhân; Mức phạt tiền đối với hành vi vi phạm hành chính về quản lý thuế quy định tại các Điều 9, 14 Nghị định này là mức phạt tiền được áp dụng đối với cả cá nhân và tổ chức; Hộ kinh doanh, hộ gia đình thực hiện hành vi vi phạm hành chính quy định tại Nghị định này bị xử phạt vi phạm như đối với cá nhân. Hình thức xử phạt bổ sung: Tịch thu tang vật vi phạm hành chính. Bên cạnh đó, cơ quan chức năng sẽ có nhiều biện pháp khắc phục hậu quả đối với những hành vi vi phạm.
Ngoài ra, Nghị định 128 cũng bổ sung thêm nhiều hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan. Theo đó, Nghị định 128 bổ sung thêm nhóm hành vi vi phạm về thời hạn làm thủ tục hải quan, nộp hồ sơ thuế gồm có: Nộp hồ sơ đề nghị áp dụng mức thuế suất 0% đối với linh kiện nhập khẩu theo Chương trình ưu đãi thuế để sản xuất, lắp ráp ô tô hoặc Chương trình ưu đãi thuế công nghiệp hỗ trợ không đúng thời hạn quy định; Thông báo hợp đồng gia công lại, phụ lục hợp đồng gia công lại không đúng thời hạn quy định; Thông báo định mức thực tế của lượng sản phẩm đã sản xuất không đúng thời hạn quy định.
Nhóm hành vi vi phạm quy định về khai hải quan gồm: Khai sai so với thực tế về tên hàng, chủng loại, xuất xứ, số lượng (số lượng tang vật có trị giá trên 10.000.000 đồng), chất lượng, trị giá, mã số hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế nhưng không làm ảnh hưởng đến số thuế phải nộp; không khai trên tờ khai hải quan mối quan hệ đặc biệt giữa người mua và người bán theo quy định của pháp luật hải quan mà không ảnh hưởng đến trị giá hải quan; khai sai thông tin về chuyến bay đối với tàu bay xuất cảnh, nhập cảnh.
