Hang được chia thành 3 nhánh, nhánh số 3 dài hơn 600m, lòng hang rộng từ 20m đến 40m, trần hang cao khoảng 30m. Cửa hang rộng khoảng 60m2 nên đi lại rất thuận lợi.
Nếu so sánh với hang Rồng (xã Tả Lủng) và hang Nhím (xã Pả Vi) thì hang Sán Tớ dài hơn, đẹp hơn và nhiều nhũ hơn. Nổi bật nhất là nhánh hang số 3 được chia làm 3 phân khu; mỗi phân khu đều phình to ra và chứa rất nhiều hình dạng nhũ khác nhau, như: Ruộng bậc thang, rừng san hô, đàn đá, đàn voi, cây thông Noel, cột chống trời, chùm phong lan, quả đu đủ, nấm ngọc cẩu,…
Nhưng đẹp nhất là phân khu số 3 nằm ở cuối hang có rất nhiều nước được ví như tòa nhà lâu đài hay mê cung đá, bởi hệ thống nhũ đá nhiều nhất. Ngoài ra, tại một điểm trên trần hang còn xuất hiện hóa thạch của một loài bọ, rất hữu ích trong việc nghiên cứu địa chất.
Với vẻ đẹp nguyên sơ, nhiều nhũ đá lộng lẫy và hình thù kỳ lạ đã tạo thành một vẻ đẹp thiên nhiên hiếm có so với các hang động đã được phát hiện trên địa bàn tỉnh Hà Giang.
