Theo nội dung đề án, đặc khu kinh tế Phú Quốc có diện tích trên 57.000 ha, dân số gần 120.000 người, với 9 khu hành chính được chuyển đổi từ 2 thị trấn và 7 xã. Xã đảo Thổ Châu không thuộc đặc khu này vì đang xem xét thành lập huyện đảo Thổ Châu.
Đề án cho thấy, việc thành lập đặc khu kinh tế Phú Quốc sẽ khai thác tốt nhất các tiềm năng, thu hút mạnh nguồn vốn đầu tư, công nghệ cao, phương thức quản lý tiên tiến… phát triển các trụ cột chính là du lịch giải trí, nghỉ dưỡng; trung tâm thương mại triển lãm; nghiên cứu - phát triển; dịch vụ tài chính ngân hàng; kinh tế biển; hệ thống chính trị theo hướng tinh gọn.