Cụ thể, ngoài quy định chung về các trường hợp cần thiết khác, Thông tư bổ sung một số trường hợp cụ thể về an ninh, quốc phòng, dầu khí tại khoản 17, Điều 4, đồng thời các trường hợp được Ngân hàng Nhà nước xem xét, chấp thuận sử dụng ngoại hối trên lãnh thổ chỉ áp dụng với đối tượng là tổ chức (người cư trú, người không cư trú), không cho phép cá nhân.
Bên cạnh đó, nhằm mục tiêu minh bạch hóa thủ tục hành chính, Thông tư 16 đã bổ sung quy định về hồ sơ, trình tự, thủ tục chấp thuận hoạt động ngoại hối trên lãnh thổ Việt Nam. Theo đó, Thông tư quy định cụ thể về nguyên tắc lập và gửi hồ sơ của tố chức và thời hạn xử lý hồ sơ của Ngân hàng Nhà nước.
Thông tư 16 có hiệu lực từ ngày 3/12/2015./.