Theo quy định mới, đối với tổ chức thu phí là Cục Quản lý xuất nhập cảnh (Bộ Công an); Công an, Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương: Tổ chức thu phí được trích lại 20% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ. Trong đó, các khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí bao gồm cả các khoản chi hỗ trợ để thực hiện các nội dung sau:
Chi mua vé máy bay, ăn ở, thuê phiên dịch, canh giữ người nước ngoài bị lưu giữ; Chi khám chữa bệnh khi người nước ngoài bị ốm; Áp giải người nước ngoài cư trú trái phép, vi phạm pháp luật về nước. Chỉ sử dụng tiền phí trích lại để hỗ trợ các nội dung chi này khi cơ quan đại diện của nước có công dân vi phạm không chịu kinh phí; Chi tập huấn, đào tạo bồi dưỡng nâng cao trình độ, kiến thức cho cán bộ, chiến sĩ làm công tác quản lý xuất nhập cảnh;
Chi ứng dụng khoa học công nghệ tiên tiến hiện đại phục vụ công tác quản lý xuất nhập cảnh; Chi phục vụ đàm phán, hợp tác đối với đối tác nước ngoài phục vụ công tác cấp thị thực và các giấy tờ liên quan đến xuất nhập cảnh Việt Nam cho người nước ngoài; Bổ sung thu nhập, nâng cao đời sống cho cán bộ, chiến sỹ làm công tác quản lý xuất nhập cảnh theo quy định của pháp luật (nếu có). Nhóm đối tượng này phải nộp 80% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Đối với tổ chức thu phí là Cục Lãnh sự, Sở Ngoại vụ thành phố Hồ Chí Minh, Thông tư số 41/2020/TT-BTC quy định: Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước trừ trường hợp quy định. Nguồn chi phí trang trải cho thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước;
Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ thì được trích lại 20% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ và Điều 4 Thông tư số 07/2020/TT-BTC ngày 03/02/2020 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chế độ quản lý tài chính, tài sản đối với cơ quan Việt Nam ở nước ngoài. Nhóm đối tượng này cũng phải nộp 80% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1/8/2020. Các nội dung khác liên quan đến việc thu, nộp, quản lý, sử dụng, chứng từ thu, công khai chế độ thu phí, lệ phí không đề cập tại Thông tư này được thực hiện theo quy định tại Luật Phí và Lệ phí, Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ; Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06 tháng 11 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
