Tổng cục triển khai thực hiện đề án “Khắc phục hậu quả đối với môi trường do sự cố môi trường gây ra tại các tỉnh ven biển miền Trung”, trong đó tập trung vào hoạt động điều tra, đánh giá mức độ, phạm vi ô nhiễm và sự suy thoái của hệ sinh thái, tài nguyên sinh vật do sự cố môi trường gây ra tại vùng biển ven bờ 4 tỉnh miền Trung; xử lý ô nhiễm, quan trắc môi trường biển và đảm bảo việc thực thi các cam kết về bảo vệ môi trường tại vùng biển ven bờ một số tỉnh miền Trung.
Cùng với đó, Tổng cục nghiên cứu đề xuất ban hành kế hoạch quốc gia ứng phó các sự cố/thảm họa môi trường; thành lập Ủy ban Quốc gia ứng phó với tình huống khẩn cấp, trong đó có những tình huống khẩn cấp quốc gia liên quan đến môi trường, thiên tai.
Các cơ quan chức năng tăng cường kiểm soát chặt chẽ các dự án, cơ sở hoạt động xả thải ra sông, biển; xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra, giám sát các nguồn xả nước thải lớn ra vùng ven biển và các lưu vực sông, xây dựng quy định bắt buộc các nguồn xả nước thải lớn phải có hồ sinh học đảm bảo yêu cầu quản lý xả thải.
Theo đó, ngay sau khi sự cố môi trường xảy ra, mặc dù bước đầu còn lúng túng nhưng Tổng cục đã hướng dẫn các địa phương thực hiện một số biện pháp khẩn cấp để ứng phó với sự cố; tổng hợp, cập nhật thông tin về diễn biến sự cố hải sản chết bất thường và các hiện tượng dị thường từ các bộ, ngành, địa phương có liên quan phục vụ các cuộc họp giao ban về ứng phó với sự cố hàng ngày… Tổng cục mời các đoàn chuyên gia đánh giá độc lập về các vấn đề có liên quan; giám sát chặt chẽ các nguồn thải của Cty TNHH Hưng Nghiệp Formosa Hà Tĩnh, buộc Cty này phải xin lỗi công khai Chính phủ và nhân dân Việt Nam.
Tổng cục cũng đã ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính với tổng số tiền xử phạt gần 4 tỷ đồng đối với 3 cơ sở gây ra sự cố môi trường là: Công ty CP Mía đường Hòa Bình, Cty TNHH Tân Hiếu Hưng, Trang trại chăn nuôi gia công heo hậu bị Bùi Thị Bình (nay là ông Nguyễn Ngọc Sáng); tiếp tục hoàn thiện quyết định xử phạt hành chính đối với Cty TNHH Hưng Nghiệp Formosa Hà Tĩnh; đặc biệt đã yêu cầu các công ty bồi thường thiệt hại, bồi thường xử lý ô nhiễm và phục hồi môi trường. Đến nay, Cty TNHH Hưng Nghiệp
Formosa Hà Tĩnh đã cam kết hỗ trợ 11.500 tỷ đồng, Cty CP Mía đường Hòa Bình đã hoàn thành việc hỗ trợ cho tỉnh Thanh Hóa với số tiền hơn 1,4 tỷ đồng.