Theo Quyết định số 400/QĐ-TTg, Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Phó Chủ tịch Hội đồng là Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Các thành viên Hội đồng gồm lãnh đạo các Bộ: Giao thông vận tải, Tài chính, Xây dựng, Tư pháp, Quốc phòng, Công an và lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, lãnh đạo Ủy ban nhân dân tỉnh Lào Cai.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định liên ngành.
Quyết định số 400/QĐ-TTg cho biết, trách nhiệm, quyền hạn và nguyên tắc hoạt động của Hội đồng thẩm định liên ngành; trách nhiệm và quyền hạn của Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng, các thành viên Hội đồng, cơ quan thường trực Hội đồng thẩm định liên ngành được thực hiện tương ứng theo quy định tại Điều 10, Điều 11, Điều 12, Điều 13, Điều 14 Nghị định số 35/2021/NĐ-CP ngày 29 tháng 3 năm 2021 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư.
Hội đồng được sử dụng con dấu của Bộ Kế hoạch và Đầu tư để phục vụ cho hoạt động của Hội đồng. Hội đồng tự giải thể sau khi kết thúc nhiệm vụ.
Trước đó, UBND tỉnh Lào Cai đề nghị giữ nguyên tổng mức đầu tư của Dự án theo Quyết định số 1773/QĐ-TTg ngày 21/10/2021 của Thủ tướng Chính phủ về phê duyệt chủ trương đầu tư Dự án đầu tư xây dựng Cảng hàng không Sa Pa là 6.948,845 tỷ đồng, thực hiện điều chỉnh cơ cấu tổng mức đầu tư.
Cụ thể, tổng mức đầu tư Dự án giai đoạn 1 là 4.207,287tỷ đồng (Dự án thành phần 1 - Giải phóng mặt bằng và tái định cư là 555 tỷ đồng; Dự án thành phần 2 - xây dựng cảng hàng không là 3.652,287 tỷ đồng). Tổng mức đầu tư giai đoạn 2 là 2.741,558 tỷ đồng (Dự án thành phần 2 - Xây dựng cảng hàng không).
Ngoài ra, UBND tỉnh Lào Cai còn kiến nghị điều chỉnh cơ cấu nguồn vốn và phần vốn nhà nước tại Dự án, trong đó đáng chú ý nhất là giai đoạn 1, vốn do nhà đầu tư huy động (vốn chủ sở hữu, vốn tín dụng) là 2.104,769 tỷ đồng; nhà nước tham gia trong dự án là 2.102,518 tỷ đồng ( vốn ngân sách Trung ương hỗ trợ có mục tiêu là 600 tỷ đồng, ngân sách địa phương tự cân đối 1.502,518 tỷ đồng).
Dự kiến thời gian thực hiện Dự án là 50 năm (thời gian xây dựng dự kiến là 3 năm 7 tháng; thời gian vận hành, khai thác và thu hồi vốn là 46 năm 5 tháng). Giai đoạn 1 của Dự án thực hiện sau năm 2021. Giai đoạn 2 sẽ thực hiện sau năm 2028.