Tuy nhiên, một số quy định liên quan tới hình thức, phương pháp tiến hành các hoạt động theo dõi THPL được quy định tại Chương III của Nghị định này còn bộc lộ nhiều tồn tại, bất cập. Hiện nay, các cơ quan theo dõi THPL thực hiện thu thập thông tin từ các phương tiện thông tin đại chúng; theo phản ánh, kiến nghị của các cơ quan, tổ chức, cá nhân; đánh giá, kiến nghị của các hiệp hội, doanh nghiệp…
Tuy nhiên, do chưa có quy định cụ thể về quy trình tiếp nhận và xử lý thông tin phản ánh về tình hình THPL nên thực tế cho thấy, thông tin thu được từ các nguồn nêu trên là rất hạn chế, việc xử lý thông tin sau tiếp nhận chưa mang tính kịp thời, chưa xử lý triệt để. Nguyên nhân là do việc truyền thông về công tác này còn hạn chế, thiếu cơ chế về cung cấp thông tin giữa cơ quan giám sát, điều tra, xét xử; cơ chế tiếp nhận, xử lý kiến nghị của hiệp hội, doanh nghiệp và người dân.
Liên quan tới quy định về hoạt động kiểm tra tình hình THPL, Nghị định số 59/2012/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn thi hành chưa quy định cụ thể về quy trình, biểu mẫu kiểm tra tình hình THPL nên mỗi nơi có cách làm và vận dụng khác nhau. Quy định hiện hành về kiểm tra tình hình THPL chưa thực sự phát huy mạnh mẽ vai trò của cơ quan có thẩm quyền theo dõi, kiểm tra tình hình THPL do thiếu cơ chế về thẩm quyền xử lý đối với các sai phạm được phát hiện qua công tác kiểm tra mà chỉ dừng ở mức kiến nghị.
Về hoạt động điều tra, khảo sát tình hình THPL, pháp luật hiện nay quy định bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND các cấp điều tra, khảo sát theo yêu cầu của tình hình THPL về từng lĩnh vực, địa bàn và đối tượng cụ thể thông qua phiếu khảo sát, tọa đàm, phỏng vấn trực tiếp và các hình thức phù hợp khác; hoạt động điều tra, khảo sát có thể được thực hiện theo cơ chế cộng tác viên (Điều 13, Nghị định số 59/2012/NĐ-CP).
Song, các quy định này còn mang tính chung chung, trong đó cơ chế cộng tác viên theo dõi THPL được quy định tại Thông tư số 14/2014/TT của Bộ Tư pháp chưa hướng dẫn cụ thể về hình thức, cách thức phối hợp, kinh phí để thực hiện. Do đó, gây nên khó khăn trong việc triển khai phối hợp và huy động sự tham gia của các cơ quan, tổ chức tham gia hoạt động điều tra, khảo sát tình hình THPL.
Ngoài ra, việc xử lý kết quả theo dõi tình hình THPL hiện nay cũng bộc lộ một số tồn tại. Theo Điều 14, Nghị định số 59/2012/NĐ-CP, bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND các cấp xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan, người có thẩm quyền xử lý kết quả theo dõi tình hình THPL như ban hành kịp thời, đầy đủ các văn bản quy định chi tiết thi hành văn bản quy phạm pháp luật; thực hiện các biện pháp nhằm nâng cao hiệu quả công tác tập huấn, phổ biến pháp luật; bảo đảm về tổ chức, biên chế, kinh phí và các điều kiện khác cho THPL…
Như vậy, pháp luật có quy định về mặt nguyên tắc các biện pháp xử lý kết quả theo dõi THPL nhưng không quy định rõ các biện pháp, hình thức xử lý như thế nào và thẩm quyền xử lý của Thủ trưởng các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND các cấp đối với nhóm biện pháp, hình thức xử lý đó.
Để khắc phục các tồn tại, bất cập trên, Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 59/2012/NĐ-CP cần bổ sung điều khoản quy định về kiểm tra hoạt động quản lý nhà nước về theo dõi tình hình THPL. Theo đó, Bộ trưởng Bộ Tư pháp kiểm tra công tác quản lý nhà nước về theo dõi tình hình THPL trên phạm vi cả nước; Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ kiểm tra công tác quản lý nhà nước về theo dõi tình hình THPL trong phạm vi ngành, lĩnh vực quản lý nhà nước của bộ, cơ quan ngang bộ; Chủ tịch UBND các cấp kiểm tra công tác quản lý nhà nước về theo dõi tình hình THPL trong phạm vi địa bàn quản lý.
Để nâng cao chất lượng, hiệu quả việc xử lý sai phạm sau kiểm tra, dự thảo cần bổ sung quy định về trách nhiệm xử lý của cơ quan, người có thẩm quyền kiểm tra. Đồng thời cần quy định rõ tổ chức, cá nhân được kiểm tra phải có báo cáo bằng văn bản đến cơ quan, người có thẩm quyền kiểm tra về tình hình kết quả thực hiện các biện pháp nhằm khắc phục hạn chế, tồn tại và xử lý hành vi vi phạm được phát hiện trong quá trình kiểm tra.
Cùng với đó, Dự thảo cần có quy định để góp phần nâng cao trách nhiệm của Bộ Tư pháp trong việc giúp Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về công tác theo dõi THPL cũng như việc gắn trách nhiệm của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Chủ tịch UBND cấp tỉnh trong việc xử lý kết quả theo dõi tình hình THPL.