Ngoài ra, các dự án còn lại cũng chuyển chủ đầu tư là: Dự án xây dựng đường sắt độ thị Hà Nội (tuyến số 1) giai đoạn 2 (vốn vay Nhật Bản); Dự án Nâng cao an toàn cầu đường sắt trên tuyến Hà Nội - TP.HCM (vốn vay Nhật Bản); Dự án cải tạo, nâng cấp tuyến đường sắt Yên Viên - Lào Cai; Dự án hiện đại hóa hệ thống thông tin tín hiệu đoạn Vinh - TP.HCM (vốn vay Trung Quốc); Dự án hiện đại hóa hệ thống thông tin tín hiệu đường sắt các tuyến Hà Nội - Lào Cai, Hà Nội - Đồng Đăng, Hà Nội - Thái Nguyên và khu đầu mối Hà Nội (giai đoạn 1) (vốn vay Trung Quốc); Hệ thống thông tin tín hiệu đường sắt đoạn Hà Nội - Vinh, tuyến đường sắt Thống Nhất (giai đoạn 2) (vốn vay Pháp).
Có một số dự án đang trong giai đoạn chuẩn bị đầu tư bị Bộ GTVT thu hồi vai trò chủ đầu tư với Tổng Công ty đường sắt là: Dự án Cải tạo tuyến đường sắt khu vực đèo Hải Vân; Dự án Nâng cao an toàn cầu đường sắt trên tuyến Hà Nội - TP.HCM (giai đoạn 2); Dự án Hiện đại hóa hệ thống thông tin tín hiệu đoạn Vinh - TP.HCM, tuyến đường sắt Thống Nhất (giai đoạn 2); Hiện đại hóa hệ thống thông tin tín hiệu đường sắt các tuyến Hà Nội - Lào Cai, Hà Nội - Đồng Đăng, Hà Nội - Thái Nguyên và khu đầu mối Hà Nội (giai đoạn 2); Dự án Cải tạo đường sắt khu vực đèo Khe Nét, tuyến đường sắt Hà Nội - TPHCM; Dự án đường sắt Trảng Bom - Hưng Hòa, bao gồm 2 dự án thành phần vận hành độc lập: Đường sắt Trảng Bom - Dĩ An, đường sắt Dĩ An - Hưng Hòa.
5 dự án do Cục Đường sắt VN làm chủ đầu tư sử dụng vốn ngân sách cũng sẽ được chuyển về trực tiếp cho Bộ. Trong số này có 3 dự án đang đầu tư và 2 dự án đang chuẩn bị đầu tư.
Các đơn vị liên quan sẽ phải tiến hành những công việc cần thiết để sáp nhập Ban quản lý Các dự án đường sắt của Tổng công ty và Ban quản lý dự án Đường sắt thuộc Cục Đường sắt thành một Ban quản lý trực thuộc Bộ./.