Sở ATTP sẽ hoạt động vào đầu năm 2024 với chức năng tham mưu, quản lý nhà nước về ATTP. Cơ quan này chịu quản lý trực tiếp, toàn diện của UBND TP HCM; đồng thời chấp hành chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của các Bộ: Y tế, NN&PTNT, Công Thương.
Lãnh đạo Sở ATTP gồm Giám đốc và không quá 3 Phó. Cơ quan này gồm các phòng: Văn phòng, Thanh tra, Kế hoạch - Tài chính, Cấp phép, Quản lý tiêu chuẩn & Giám sát ngộ độc thực phẩm, Hợp tác quốc tế & Truyền thông. Đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở là Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm.
Trước khi thành lập, TP HCM có 6 năm thí điểm mô hình Ban Quản lý ATTP trên cơ sở chuyển một số chức năng từ 3 Sở Công Thương, Y tế, NN&PTNT. Đây được đánh giá là một bước đột phá của TP HCM trong tiến trình phát triển bền vững, bảo đảm an sinh, bảo vệ sức khỏe người dân. Tuy nhiên, đơn vị này vẫn còn nhiều hạn chế về chức năng, quyền hạn so với Sở, nhiều quy định chưa có đã cản trở hoạt động của Ban.
Theo TP, việc chuyển từ Ban Quản lý lên Sở chuyên ngành nhằm ngăn chặn, giải quyết dứt điểm, căn cơ tình trạng không bảo đảm ATTP trên địa bàn, khắc phục những bất cập, rào cản trong phối hợp liên ngành. Người đứng đầu Ban Quản lý ATTP TP HCM hiện là PGS. TS Phạm Khánh Phong Lan.
