Theo báo cáo của Vụ Các vấn đề chung về xây dựng pháp luật, ngay sau khi Luật được thông qua, Vụ đã tham mưu cho Lãnh đạo Bộ tổ chức nhiều hoạt động để thi hành Luật như xây dựng, ban hành các văn bản triển khai thi hành Luật; xây dựng tài liệu, tổ chức các hội nghị quán triệt, phổ biến, tập huấn chuyên sâu Luật; rà soát các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan… Trong quá trình triển khai thi hành Luật, nhiều vấn đề mới đã nhận được ý kiến thống nhất như hướng xử lý thông tư liên tịch giữa các bộ, cơ quan ngang bộ được ban hành trước ngày Luật có hiệu lực (ngày 1/7/2016), hướng xử lý chỉ thị quy phạm pháp luật của UBND các cấp được ban hành trước ngày Luật có hiệu lực, việc hạn chế quy định thủ tục hành chính (TTHC) trong một số loại VBQPPL…
Chẳng hạn, để xử lý thông tư liên tịch giữa các bộ, cơ quan ngang bộ được ban hành trước ngày 1/7/2016, Luật quy định các thông tư liên tịch này sẽ tiếp tục có hiệu lực cho đến khi có văn bản bãi bỏ hoặc bị thay thế bằng VBQPPL khác. Như vậy, kể từ ngày 1/7/2016, trường hợp có nhu cầu bãi bỏ hoặc thay thế thông tư liên tịch đã ban hành trước ngày 1/7/2016 thì các bộ, cơ quan ngang bộ lưu ý ban hành hình thức văn bản phù hợp với quy định tại khoản 2 Điều 172 của Luật. Tương tự, chỉ thị của UBND các cấp là VBQPPL được ban hành trước ngày Luật có hiệu lực sẽ tiếp tục có hiệu lực cho đến khi có văn bản bãi bỏ hoặc bị thay thế bằng VBQPPL khác. UBND các cấp có thể ban hành quyết định hành chính để bãi bỏ các chỉ thị do mình ban hành.
Còn đối với việc hạn chế quy định TTHC trong một số loại VBQPPL, các ý kiến thống nhất rằng Luật và Chỉ thị số 28 của Thủ tướng Chính phủ đều không đặt ra việc sửa đổi, bổ sung mà yêu cầu phải bãi bỏ hoặc thay thế các TTHC trong các văn bản hiện hành. Do đó, kể từ ngày 1/7/2016, các bộ, cơ quan ngang bộ không được sửa đổi, bổ sung quy định về TTHC trong các thông tư đã ban hành trước ngày 1/7/2016 mà cần rà soát để bãi bỏ theo thẩm quyền hoặc báo cáo Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ để quy định TTHC ấy trong nghị định của Chính phủ hoặc quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
Tuy nhiên, cũng trong triển khai thi hành Luật, đặc biệt là qua các lớp tập huấn chuyên sâu, cho thấy cách hiểu về một số quy định của Luật còn có ý kiến không giống nhau. Trong đó, đáng chú ý là quan điểm khác nhau về thời điểm có hiệu lực của VBQPPL của chính quyền địa phương. Cụ thể, loại thứ nhất đề nghị xác định thời điểm có hiệu lực đối với nghị quyết của HĐND được tính kể từ ngày Chủ tịch HĐND ký chứng thực nghị quyết. Loại thứ hai đề nghị xác định thời điểm trên được tính kể từ ngày HĐND thông qua nghị quyết vì việc thông qua thể hiện ý chí của tập thể HĐND.
Vụ Các vấn đề chung về xây dựng pháp luật và đại diện một số đơn vị thuộc Bộ nhất trí với loại ý kiến thứ nhất. Nhưng Phó Cục trưởng Cục Kiểm tra VBQPPL Nguyễn Thị Thu Hòe băn khoăn, Luật không quy định ký chứng thực nên nếu hướng dẫn địa phương ký chứng thực sẽ không đảm bảo tính chủ động. Hơn nữa, bà Hòe cho rằng thời điểm ký chứng thực chỉ là thời điểm thực hiện thủ tục, không phải là thời điểm ký ban hành theo quy định của Luật.
Kết luận buổi làm việc, Bộ trưởng Lê Thành Long cơ bản tán thành với đề xuất cách xử lý nhiều vấn đề của Vụ Các vấn đề chung về xây dựng pháp luật. Riêng thời điểm có hiệu lực của VBQPPL của chính quyền địa phương, Bộ trưởng cho rằng, nên hiểu theo nghĩa “thoáng hơn” cho các cán bộ quản lý, đồng thời cho nhân dân hiểu kỹ hơn về văn bản. Dẫn chứng Luật trước đây cũng lấy “cái gốc” là ngày công bố, theo Bộ trưởng, thời điểm có hiệu lực có thể hiểu là ngày ký ban hành hoặc ngày công bố.