Theo kết luận, tại Cần Thơ có 6 khu công nghiệp (KCN) nằm trong quy hoạch đã được Thủ tướng phê duyệt, gồm: Trà Nóc 1 (135ha), Trà Nóc 2 (157ha), Thốt Nốt (74,87ha), Hưng Phú 1 (262ha), Hưng Phú 2 (67ha) và Vĩnh Thạnh giai đoạn 1 (293,7ha).
KLTT cho biết chủ đầu tư (CĐT) của 4 KCN Trà Nóc 1, 2, Hưng Phú 1, Thốt Nốt được Nhà nước cho thuê đất trả tiền hằng năm, nhưng đã cho 29 nhà đầu tư thứ cấp thuê đất theo hình thức trả tiền một lần; vi phạm Luật Đất đai 2013. Đến thời điểm thanh tra, CĐT chưa thực hiện thủ tục chuyển từ thuê đất nộp tiền thuê đất hằng năm sang thuê đất trả tiền một lần.
Tại KCN Thốt Nốt (giai đoạn 3) do Trung tâm xây dựng hạ tầng KCN Thốt Nốt làm CĐT; để có kinh phí giải phóng mặt bằng và đầu tư hạ tầng kỹ thuật, CĐT đã ký hợp đồng cho thuê lại đất với 2 tổ chức kinh tế nhằm ứng vốn.
Đến thời điểm thanh tra, Trung tâm xây dựng hạ tầng KCN Thốt Nốt chưa được UBND TP Cần Thơ cho thuê đất, chưa đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng nhưng đã ký hợp đồng cho thuê lại đất trả tiền một lần; vi phạm Luật Đất đai. Đơn giá tại một số hợp đồng cho thuê lại đất chưa được UBND TP, Sở Tài chính phê duyệt, là vi phạm pháp luật.
KLTT còn cho biết công tác quản lý, sử dụng đất công trên địa bàn TP Cần Thơ chưa chặt chẽ, chưa hiệu quả. Việc tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất, quyền thuê đất của một số khu đất không đúng quy định pháp luật.
Về xử lý kinh tế, TTCP kiến nghị thu hồi về ngân sách nhà nước hơn 463,8 tỉ đồng, giảm trừ khi quyết toán dự án hơn 2,5 tỉ đồng do vi phạm trong công tác đầu tư xây dựng và quản lý sử dụng đất.
TTCP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo kiểm điểm, xử lý trách nhiệm với tập thể, cá nhân lãnh đạo UBND TP Cần Thơ các thời kỳ có liên quan đến những tồn tại, hạn chế, khuyết điểm, vi phạm.
UBND TP Cần Thơ, Chủ tịch UBND TP chỉ đạo, tổ chức thực hiện nghiêm túc, đầy đủ KLTT; chấn chỉnh, khắc phục, xử lý nghiêm các tồn tại, hạn chế, khuyết điểm, vi phạm; tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân liên quan để xảy ra những tồn tại, hạn chế, khuyết điểm, vi phạm.
Trong quá trình thực hiện KLTT, trường hợp phát hiện gây thất thoát tài sản nhà nước, có dấu hiệu vi phạm thì chuyển ngay cho cơ quan công an xử lý theo quy định pháp luật.
TTCP đề nghị Bộ Công an chỉ đạo cơ quan chức năng tiếp nhận thông tin với sai phạm của Trung tâm xây dựng hạ tầng KCN Thốt Nốt tại KCN Thốt Nốt (giai đoạn 3) với một số hợp đồng cho thuê đất để xem xét, xử lý theo quy định pháp luật.