Theo ông Chu Minh Tộ, Trưởng ban Sổ, thẻ (BHXH Việt Nam), nguyên nhân của việc cấp trùng thẻ BHYT cho các đối tượng được NSNN đóng, hỗ trợ tiền đóng là do có nhiều cơ quan quản lý lập danh sách đối tượng chuyển sang cơ quan BHXH để cấp thẻ BHYT. Do đó, nếu thông tin không trùng khớp (họ tên, địa chỉ, ngày sinh...) dẫn đến một người có thể được cấp hơn một thẻ ở các nhóm đối tượng khác nhau. Ví dụ, vừa có thẻ thuộc nhóm người có công với cách mạng, vừa ở nhóm thân nhân lực lượng vũ trang, hay cựu chiến binh, người dân tộc thiểu số...
Bên cạnh đó, do chưa xây dựng được mã định danh cá nhân và hệ thống cơ sở dữ liệu cấp thẻ BHYT tập trung nên việc nhiều đầu mối cùng đề nghị cơ quan BHXH cấp thẻ dẫn đến trùng thẻ là không thể tránh khỏi. Tuy nhiên, số thẻ BHYT cấp trùng đã giảm rất nhiều qua các năm. Năm 2014 giảm 70% so với năm 2013. Hơn nữa, thực hiện Luật BHYT năm 2014, có hiệu lực từ năm 2015 đã quy định cụ thể việc NSNN đóng, hỗ trợ tiền đóng BHYT cho các đối tượng nên số thẻ cấp trùng sẽ giảm. Cho dù một người có được cấp nhiều thẻ BHYT nhưng khi đi KCB thì cũng chỉ sử dụng 1 thẻ và số tiền cấp trùng vẫn nằm trong Quỹ BHYT nên không có sự thất thoát NSNN do cấp trùng thẻ.
Ngay sau khi có hướng dẫn của Bộ Tài chính, BHXH Việt Nam đã có văn bản chỉ đạo BHXH các tỉnh, TP phối hợp với Sở Tài chính rà soát, đối chiếu số liệu và thống nhất cách thức hoàn trả ngân sách địa phương kinh phí cấp thẻ trùng năm 2014. Báo cáo cụ thể kinh phí thực hiện bù trừ với số ngân sách địa phương phải đóng, hỗ trợ đóng BHYT; kinh phí tỉnh đề nghị BHXH Việt Nam chuyển để hoàn trả ngân sách địa phương. Đến nay, BHXH các địa phương đã báo cáo đầy đủ về BHXH Việt Nam, Vụ Tài chính- Kế toán đang tổng hợp, hoàn thiện để chuyển kinh phí cho BHXH các tỉnh chuyển trả ngân sách địa phương ngay trong tháng 12/2016. Ông Nguyễn Trí Đại, Trưởng ban Thu (BHXH Việt Nam) cho biết thêm, trong năm 2016 này, BHXH Việt Nam sẽ hoàn thiện Hệ thống cơ sở dữ liệu thông tin hộ gia đình tham gia BHYT tập trung cả nước để cấp mã định danh cá nhân cho toàn bộ dân số. Do đó, chắc chắn từ năm 2017 trở đi, việc cấp trùng thẻ BHYT sẽ được hạn chế tối thiểu. Còn đối với việc rà soát việc cấp thẻ BHYT năm 2015, cơ quan BHXH và các cơ quan liên quan tiếp tục kiểm tra, rà soát và hoàn thành trước ngày 31/5/2017.
Vẫn theo nội dung công văn, toàn bộ số kinh phí cấp trùng thẻ BHYT do NSNN cấp nào đảm bảo thì thu hồi nộp NSNN cấp đó. Đồng thời, BHXH Việt Nam trích 82,29 tỷ đồng từ Quỹ dự phòng khám chữa bệnh BHYT để nộp ngân sách. Trong đó, nộp ngân sách trung ương 6,95 tỷ đồng thuộc kinh phí cấp trùng thẻ BHYT cho các đối tượng do ngân sách trung ương đảm bảo; BHXH Việt Nam chuyển cho BHXH các tỉnh, TP số tiền 75,34 tỷ đồng thuộc kinh phí cấp trùng thẻ BHYT cho các đối tượng do ngân sách địa phương đảm bảo để cơ quan BHXH cấp tỉnh nộp trả ngân sách địa phương. Khi tổng hợp quyết toán năm 2016, tổng hợp số tiền 82,29 tỷ đồng cấp trùng thẻ năm 2014 vào quyết toán Quỹ BHYT, chi tiết Quỹ dự phòng khám chữa bệnh BHYT.