Theo quan điểm của Viện KSNDTC, mục đích của Phan Văn Anh Vũ và các đồng phạm là lợi dụng chức vụ, quyền hạn tác động đến những người có thẩm quyền trong các cơ quan quản lý nhà nước. Từ đó, nhóm người này sẽ tạo điều kiện để chuyển giao quyền sở hữu, quyền quản lý, khai thác đối với 7 tài sản nhà nước sang cá nhân Vũ và các công ty của Vũ mà không thông qua đấu giá theo các quy định của pháp luật.
Theo VKS nhận định, trong thời gian từ khi có hành vi phạm tội đến khi vụ án được khởi tố , giá trị của 7 nhà đất công bị Vũ thâu tóm đã tăng gấp 10 lần.
Như vậy, thiệt hại do hành vi phạm tội của Vũ và đồng phạm gây ra phải được xác định không chỉ là những ưu đãi về giá, hệ số sinh lợi với các khu nhà, đất công sản này mà còn bao gồm thiệt hại vì Nhà nước mất đi quyền khai thác, quản lý, sử dụng, giá trị tăng thêm của các tài sản này…
Từ những căn cứ trên, Viện KSNDTC cho rằng VKS cấp sơ thẩm và phúc thẩm đã căn cứ vào kết luận giám định xác định giá trị thiệt hại do hành vi phạm tội của Vũ và đồng phạm gây ra tại thời điểm khởi tố vụ án gần 1.160 tỉ đồng là có cơ sở, phù hợp với mục đích, bản chất, diễn biến hành vi phạm tội của các bị cáo. Tuy nhiên, việc Tòa cấp phúc thẩm chỉ xác định thiệt hại cho Nhà nước tại thời điểm phạm tội là hơn 135 tỉ đồng là chưa đánh giá đúng bản chất thực tế cũng như hậu quả các bị cáo gây ra cho Nhà nước và xã hội.
Kháng nghị cũng cho rằng không có căn cứ để kết luận các giao dịch liên quan đến 7 tài sản nhà nước là hợp đồng dân sự (vô hiệu) như quyết định của bản án hình sự phúc thẩm của TAND cấp cao tại Hà Nội.
Viện KSNDTC đề nghị Hội đồng thẩm phán TAND tối cao xét xử theo thủ tục giám đốc thẩm, hủy một phần bản án để xét xử phúc thẩm lại những nội dung mà kháng nghị đã nêu theo hướng: Xác định giá trị thiệt hại do hành vi phạm tội của bị cáo Vũ và các đồng phạm gây ra tại thời điểm khởi tố vụ án là gần 1.160 tỉ đồng.
Kháng nghị cũng đưa quan điểm hủy phần tuyên bố các giao dịch, hợp đồng của Công ty CP xây dựng Bắc Nam 79, Công ty CP Nova Bắc Nam 79 liên quan đến việc giao, mua/bán; thuê/cho thuê đối với 7 tài sản của Nhà nước bị vô hiệu toàn bộ theo quy định của pháp luật dân sự và xử lý tài sản do giao dịch vô hiệu.
Tại bản án phúc thẩm ngày 13/6, Tòa phúc thẩm xác định Vũ "Nhôm" đã lợi dụng hai công ty bình phong là Bắc Nam 79 và Nova Bắc Nam 79 để xin thuê đất, nhận chuyển quyền sử dụng 7 lô đất công sản tại P HCM và Đà Nẵng với tổng diện tích 6.700 m2 nhà và 26.700 m2 đất mà không qua đấu giá, được hưởng nhiều ưu đãi không đúng pháp luật. Hành vi của bị cáo là trái công vụ, vi phạm các quy định của pháp luật về đất đai, về công sản nhằm thu lợi cá nhân.
TAND Cấp cao tại Hà Nội y án 15 năm tù với Vũ "Nhôm" về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Tổng hợp với bản án 25 năm tù do TAND Cấp cao tại TP HCM tuyên ngày 7/6, hình phạt chung bị cáo Vũ phải nhận là 40 năm tù.
Tòa phúc thẩm cũng giữ nguyên 30 tháng tù với ông Bùi Văn Thành (cựu thứ trưởng Công an), 36 tháng tù với ông Trần Việt Tân (cựu thứ trưởng Công an) về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, theo khoản 2, điều 285 Bộ luật Hình sự 2015.
Bị cáo Phan Hữu Tuấn (cựu phó tổng cục trưởng Tổng cục V, Bộ Công an) được giảm một năm tù (còn 4 năm) về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; Nguyễn Hữu Bách (cựu lãnh đạo Cục B61, Tổng cục V) được giảm 18 tháng tù (còn 3 năm 6 tháng tù).
