Theo nội dung kháng nghị, Viện KSND cấp cao tại TP.HCM đề nghị hủy toàn bộ bản án sơ thẩm để điều tra, xét xử lại theo thủ tục chung; đề nghị TAND cấp cao tại TP.HCM xem xét 4 vấn đề chính, gồm: tội danh; án sơ thẩm có dấu hiệu bỏ lọt tội, lọt hành vi phạm tội; kết quả giám định của Bộ Y tế có mâu thuẫn, không phù hợp với quy định pháp luật và thực tế khách quan của vụ án; làm rõ số tiền 7,5 tỉ đồng chi hoa hồng trong các bệnh viện...
Viện KSND cấp cao nhận định, bản án sơ thẩm của TAND TP.HCM xử phạt nguyên Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám đốc VN Pharma Nguyễn Minh Hùng, Võ Mạnh Cường và 9 đồng phạm về tội buôn lậu, làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức là chưa đầy đủ, toàn diện và chưa phản ánh đúng bản chất của vụ án.
Vụ án có dấu hiệu bỏ lọt hành vi phạm tội và người phạm tội, từ đó dẫn đến hình phạt đã tuyên đối với các bị cáo là quá nhẹ, không tương xứng với tính chất, mức độ nguy hiểm của hành vi phạm tội đã thực hiện, gây dư luận bất bình trong thời gian vừa qua.
Cũng theo Viện KSND cấp cao, vụ án còn có nhiều vấn đề cần được điều tra làm rõ nhằm xử lý toàn diện, đúng người, đúng tội, đảm bảo tính nghiêm minh.