Theo Bộ trưởng, thời gian qua, y tế cơ sở có vai trò tích cực, có mô hình mạng lưới rộng lớn và thực hiện tốt vai trò chăm sóc sức khỏe ban đầu. Đây là tuyến y tế gần dân, sát dân nhất, giúp cho việc chăm sóc sức khỏe, khám chữa bệnh (KCB) của người dân được thuận tiện, đỡ tốn kém, đặc biệt là KCB theo nguyên lý y học gia đình, bảo đảm cho mọi người dân được chăm sóc sức khỏe cơ bản với chi phí thấp nhất và hiệu quả nhất.
Tuy nhiên, theo Bộ trưởng Bộ Y tế, hạn chế của tuyến y tế cơ sở là người dân chưa tin tưởng vào y tế cơ sở vì chất lượng còn chưa cao, thiếu cán bộ y tế. Cùng với đó, cơ sở hạ tầng, trang thiết bị chưa đáp ứng, các dịch vụ chuyên môn trong trong KCB còn hạn chế, nguồn kinh phí từ quỹ BHXH cho trạm y tế tuyến xã chưa đảm bảo; chi trả BHYT còn thấp, danh mục thuốc ít, danh mục kỹ thuật ít,…
Quỹ KCB BHYT hiện giao cho trạm y tế thấp (không quá 20% quỹ KCB BHYT ngoại trú, quy định tại Thông tư 41/2014/TT-BYT-BTC) không đủ để chi cho KCB BHYT, dẫn đến một số loại bệnh trạm y tế (TYT) xã có khả năng điều trị, cấp thuốc nhưng phải chuyển lên tuyến trên gây nên tình trạng quá tải ở tuyến trên, tốn kém chi phí và không thuận lợi cho người bệnh, nhất là người cao tuổi mắc bệnh không lây nhiễm. Quy định này làm hạn chế phạm vi và phát triển chuyên môn kỹ thuật của TYT xã.
Đặc biệt, từ khi có chính sách thông tuyến, KCB BHYT tại TYT xã giảm. Bộ trưởng Y tế phân tích nghịch lý: Tại tuyến Trung ương, tỷ lệ người đến khám chỉ 3,1% nhưng chi phí 20% tổng chi quỹ KCB BHYT. Tại tuyến tỉnh/thành phố chiếm 25% bệnh nhân nhưng chiếm 25,6% tổng chi quỹ KCB BHYT.
Đồng quan điểm, ông Lê Văn Phúc (Phụ trách Ban Thực hiện chính sách BHYT, BHXH Việt Nam) cho rằng năng lực trạm y tế xã hiện nay rất khác nhau, có nơi tới 2 bác sĩ “cắm chốt” nhưng có nơi không có bác sĩ nào. Tình trạng khám, kê đơn, cấp thuốc tại nhiều y tế xã còn bất cập. Một số trạm y tế thiết bị cũ, hỏng nhiều và thiếu các thiết bị y tế phục vụ KCB ban đầu. "Thậm chí qua kiểm tra, chúng tôi phát hiện có bệnh nhân đã tử vong 2 năm vẫn đều đặn có đơn thuốc. Đây có thể là những nguyên nhân khiến người dân không lựa chọn y tế cơ sở làm nơi KCB ban đầu, nhất là khi chính sách khám BHYT thông tuyến huyện có hiệu lực".