Quy chế hoạt động công vụ của Hải quan Việt Nam quy định nguyên tắc, trách nhiệm trong hoạt động công vụ của Hải quan Việt Nam, bao gồm: quy định chức trách, nhiệm vụ và mối quan hệ công tác, chế độ làm việc, công tác, hội họp, học tập, bảo mật; quy định về sử dụng trang chế phục, tư thế, tác phong, nội vụ, vệ sinh công sở của các cá nhân, đơn vị trong hệ thống tổ chức của Hải quan Việt Nam.
Quy chế này áp dụng đối với các đơn vị thuộc và trực thuộc Tổng cục Hải quan, công chức, viên chức và người làm việc theo chế độ hợp đồng lao động trong ngành Hải quan. Trong đó, Quy chế yêu cầu công chức Hải quan thực thi công vụ phải nắm vững chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn được giao. Khi thực thi công vụ phải có ý thức trách nhiệm, ý thức tổ chức kỷ luật, đúng phạm vi chức năng, đúng nhiệm vụ, đúng quyền hạn, chấp hành nghiêm nội quy của đơn vị.
Đặc biệt, quy định về nguyên tắc thực thi công vụ trong việc chỉ đạo và thực hiện ý kiến chỉ đạo, Quy chế quy định: việc ra ý kiến chỉ đạo phải tuân thủ theo trình tự thứ bậc lãnh đạo trong đơn vị, từ cấp trên xuống cấp dưới. Ý kiến chỉ đạo phải rõ ràng, cụ thể và lãnh đạo ra ý kiến chỉ đạo chịu trách nhiệm đôn đốc, giám sát việc thực hiện. Trong trường hợp cần thiết, lãnh đạo cấp trên có thể chỉ đạo vượt cấp xuống dưới, nhưng sau đó cần thông tin lại cho lãnh đạo phụ trách của cấp nhận ý kiến chỉ đạo biết.
Người thực hiện ý kiến chỉ đạo phải đảm bảo đúng quy định về thời gian và yêu cầu. Nếu thấy ý kiến chỉ đạo trái với quy định phải báo cáo lãnh đạo cấp trên theo quy định của pháp luật. Trong trường hợp vẫn phải thực hiện thì được bảo lưu ý kiến để miễn trừ trách nhiệm theo quy định pháp luật.
Việc chấp hành Quy chế hoạt động công vụ là một trong những tiêu chí để đánh giá, phân loại công chức hải quan hàng tháng, hàng năm và phục vụ bình xét thi đua, khen thưởng định kỳ. Đơn vị, công chức vi phạm Quy chế sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật và của Tổng cục Hải quan. Cấp trưởng và cấp phó của đơn vị có công chức vi phạm Quy chế cũng phải xem xét trách nhiệm theo quy định của Nhà nước, Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan.
Quy chế mới này sẽ thay thế hàng loạt các Quyết định: 1395/QĐ-TCHQ về Mười điều kỷ cương của Hải quan Việt Nam; 1691/TCHQ/QĐ-TCCB về quy định sử dụng trang phục hải quan; 557/QĐ-TCHQ về quy tắc ứng xử của công chức, viên chức, người hợp đồng lao động ngành Hải quan; 2628/QĐ-TCHQ quy định lễ tiết tác phong và việc tổ chức các nghi lễ trong ngành Hải quan và Quyết định 1951/QĐ-TCHQ quy định về chấp hành xử lý vi phạm trong chấp hành kỷ luật, kỷ cương hành chính đối với công chức, viên chức, hợp đồng lao động tại các đơn vị khối cơ quan Tổng cục Hải quan.