Theo KLTT, với việc thực hiện các dự án đầu tư cho công tác quản lý, bảo vệ và phát triển rừng đặc dụng Krông Trai, thì thời gian lập thủ tục quyết toán dự án trồng mới 5 triệu ha rừng chậm 5 năm.
Có một số khoản chi chưa đúng định mức, chưa đủ cơ sở để thanh quyết toán theo Quyết định 26/QĐ-BNN-TC. Năm 2009, chi tiền chi phí tham quan học tập kinh nghiệm tại Phiếu chi 002 ngày 24/12/2009, số tiền hơn 23 triệu đồng, nhưng các giấy đi đường không có ngày tháng, không thể hiện giấy đi đường của đơn vị nào cấp, không ghi ngày đi, ngày đến công tác và không có chữ ký xác nhận của người đi công tác trên giấy đi đường, chỉ thanh toán căn cứ theo bảng kê đề nghị thanh toán của trường đoàn tham quan.
Trong năm 2011 và năm 2013, Ban Quản lý rừng đặc dụng Krông Trai (BQL) chi tiền thuê hội trưởng mở các lớp tập huấn không có chứng từ thu tiền, chữ ký xác nhận thu tiền của bên cho thuê hội trường với số tiền hơn 14 triệu đồng.
Từ năm 2009 - 2013, khi thanh toán một số khoản tiền đi lại, BQL không thanh toán thực tế theo quy định mà thanh toán cho từng cá nhân kèm theo bảng ký nhận tiền mặt, với số tiền hơn 63 triệu đồng.
Từ năm 2009 - 2013, BQL chi một số khoản tiền của dự án không đúng, không đủ cơ sở thanh quyết toán theo quy định, với số tiền hơn 157 triệu đồng.
Việc ký Hợp đồng tư vấn với Viện Nghiên cứu & Phát triển lâm nghiệp nhiệt đới về thuê tư vấn điều tra, xây dựng hệ thống giám sát tại khu bảo tồn thiên nhiên Krông Trai, BQL căn cứ dự toán chi theo Quyết định 987/QĐ-UBND ngày 6/7/2012 của UBND tỉnh về việc phê duyệt dự án để đưa ra các mức phải trả để lập phụ lục hợp đồng trả cho chuyên gia tư vấn mà không áp dụng theo các quy định của pháp luật hiện hành…
