Văn bản của Bộ GTVT do Thứ trưởng Nguyễn Nhật ký nêu rõ, dự án có một số đoạn cạn thuộc địa phận tỉnh Bắc Giang. Ngày 27/10/2016, UBND tỉnh Bắc Giang có văn bản chấp thuận cho phép gia hạn thực hiện dự án tại 5 đoạn cạn trên sông Cầu thuộc địa bàn tỉnh Bắc Giang đến hết ngày 31/12/2017.
Còn tại Bắc Ninh, Bộ GTVT cũng đã thống nhất với ý kiến của Cục ĐTNĐ Việt Nam (tại văn bản báo cáo ngày 8/3/2017) về việc tạm dừng thi công dự án. Đồng thời, Bộ yêu cầu Cục ĐTNĐ Việt Nam khẩn trương phối hợp với Sở GTVT Bắc Ninh và các đơn vị liên quan kiểm tra, báo cáo Bộ GTVT các nội dung liên quan đến dự án theo văn bản số 55 của UBND tỉnh Bắc Ninh.
Bộ GTVT cũng đã đề nghị UBND tỉnh Bắc Ninh chỉ đạo Sở GTVT phối hợp với Cục ĐTNĐ Việt Nam kiểm tra đánh giá, lập phương án nạo vét tại những vị trí chưa đạt chuẩn tắc để xem xét tiến hành nạo vét.
Trước đó, như Báo PLVN đã thông tin: mới đây, UBND tỉnh Bắc Ninh có công văn gửi Thủ tướng kiến nghị chỉ đạo Bộ chức năng không cho tiếp tục triển khai thực hiện dự án nạo vét luồng đường thủy nội địa quốc gia kết hợp tận thu sản phẩm các đoạn từ Km1+000-Km30+000 trên sông Cầu.
Đồng thời, lãnh đạo Bắc Ninh kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Công an vào cuộc điều tra nguyên nhân sự việc, điều tra các cá nhân từ Trung ương đến địa phương "đứng sau 'bảo kê", đe dọa cán bộ chuyên môn, lãnh đạo sở, ngành và Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh sau khi tỉnh này quyết định dừng dự án nạo vét luồng kết hợp tận thu cát sỏi trên sông Cầu.
Theo UBND tỉnh Bắc Ninh, trước đó, trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh, Cục Đường thủy Nội địa Việt Nam (Bộ GTVT) chấp thuận cho các đơn vị thực hiện nạo vét luồng kết hợp tận thu cát sỏi trên sông Cầu. Quá trình triển khai dự án đã xảy ra việc lợi dụng để khai thác cát trái phép.
Có thời điểm, trên địa bàn dự án nạo vét luồng có 40 tàu hoạt động gây mất an ninh tại các xã Việt Thống, Quế Tân, Phù Lương (huyện Quế Võ, tỉnh Bắc Ninh). Đê hữu sông Cầu xảy ra sạt lở đứng với chiều dài 50m, ăn sâu vào bãi 5 – 10m, tỉnh Bắc Ninh đã phải bố trí 30 tỷ đồng để xử lý sự cố.
Tỉnh đã dừng triển khai thực hiện dự án nạo vét, duy tu luồng đường thủy nội địa kết hợp tận thu sản phẩm trên sông Cầu. Tuy nhiên, thông tin với báo giới, phía tỉnh Bắc Ninh cho biết, Chủ tịch tỉnh và một số lãnh đạo cơ quan tại Bắc Ninh đã bị "khủng bố" tin nhắn, điện thoại với nội dung phải để cho dự án trên sông Cầu tiếp tục được thực hiện.