Tuy nhiên, tốc độ tăng trưởng số lượng DN đầu tư vào lĩnh vực nông, lâm, ngư nghiệp chậm hơn so với các lĩnh vực khác. Quy mô của DN nông nghiệp chủ yếu là nhỏ và vừa với quy mô vốn phần lớn ở mức dưới 5 tỷ đồng; có gần 50% doanh nghiệp ngành nông, lâm, thủy sản có quy mô siêu nhỏ (dưới 10 lao động).
Ngoài ra, DN trong lĩnh vực nông, lâm, ngư nghiệp còn yếu kém về năng lực liên kết với nông dân, với các đối tác, khả năng tìm kiếm và tiếp cận thông tin thị trường, thiếu thông tin về các rào cản kỹ thuật, các quy định thương mại quốc tế. Khả năng ứng dụng KHCN của DN nông, lâm, ngư nghiệp còn thấp, 75% doanh nghiệp đang sử dụng máy móc hết khấu hao, doanh nghiệp vừa và nhỏ vẫn chưa thoát khỏi những máy móc có công nghệ lạc hậu 2 - 3 thế hệ.
Bộ NN&PTNT đánh giá, sau gần 4 năm triển khai nhưng Nghị định 210 về chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn chưa thực sự đi vào cuộc sống, chưa đáp ứng những nhu cầu cấp bách của thực tiễn quá trình triển khai cơ cấu lại ngành nông nghiệp nói riêng và cơ cấu lại nền kinh tế nói chung. Chính vì vậy, việc xem xét sửa đổi Nghị định 210 và xây dựng một khung chính sách mới để đáp ứng được yêu cầu của thực tiễn thu hút đầu tư cho nông nghiệp nông thôn Việt Nam là đòi hỏi cấp thiết trong bối cảnh hiện nay.