Vào khoảng 14h30 ngày 1/4/2014, Linh đi xe máy từ nhà vào rẫy, khi đi qua cổng của công ty Ánh Dương thì gặp ông Thương. Lúc này ông Thương la mắng Linh, cho rằng việc trồng ngô ở đây cũng sẽ thất bại như khi nuôi vịt xiêm trước đó. Hai cha con cãi nhau một hồi rồi Linh bỏ đi vào rẫy.
Khoảng 15h45, Nguyễn Phước Linh nhớ lại chuyện cãi vả với cha mình nên nhặt một cục đá đựng trong ca nhựa và mở cốp xe lấy 2 con dạo đã để sẵn từ trước cho vào túi quần, rồi đi ra phòng bảo vệ công ty Ánh Dương tìm gặp ông Thương.
Khi đó, ông Thương đang nói chuyện với bà Đặng Thị Mỹ Uyên. Từ khoảng cách giữa Linh và ông Thương còn 4-5m, Linh liền lấy cục đá chuẩn bị từ trướ ném vào giữa bà Uyên và ông Thương, nhưng cục đá không trúng đích. Hốt hoảng, ông Thương bỏ chạy về phòng bảo vệ, Linh nhặt tiếp đá đuổi theo ném trúng vào sau chẩm gáy ông Thương. Bà Uyên hoảng sợ đứng bất động tại chổ. Sau đó Linh rút 2 con dao đâm vào lưng và hông ông Thương.
Ông Thương không chống cự được liền bỏ chạy quanh phòng bảo vệ, nhưng vẫn bị Linh đuổi theo và đâm tiếp vào vùng ngực, bụng ông Thương nhiều nhát. Những người chứng kiến hoảng hốt bỏ chạy ra ngoài và tri hô kêu cứu.
Sau khi đâm chết cha mình, Linh vứt dao rồi đi vào trong căn nhà tạm ở rẫy, thay áo quần và chạy xe máy ra đường Hoàng Văn Thái mua cồn sát trùng để băng bó vết thương cho mình. Một lúc sau quay lại, bị công an bắt giữ. Phần nạn nhân, được người dân đưa đi cấp cứu, đồng thời báo cáo vụ việc cho lực lượng Cảnh sát.
