Đại hội đã tập trung thảo luận, tham gia nhiều ý kiến đóng góp vào dự thảo Báo cáo Chính trị, Báo cáo Kiểm điểm, Chương trình hành động của Quân ủy Trung ương trình Đại hội; tham gia đóng góp vào dự thảo các văn kiện của Trung ương trình Đại hội XIII của Đảng.
Đại hội đã lựa chọn bầu 43 đại biểu chính thức và 3 đại biểu dự khuyết cùng 18 đại biểu đương nhiên tham gia Đoàn đại biểu Đảng bộ Quân đội dự Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng.
Phát biểu kết luận, Đại tướng Ngô Xuân Lịch, Ủy viên Bộ Chính trị, Phó bí thư Quân ủy Trung ương, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ghi nhận và đánh giá cao trách nhiệm chính trị, ý thức và trí tuệ của các đại biểu góp phần vào thành công chung của Đại hội đại biểu Đảng bộ Quân đội lần thứ XI, nhiệm kỳ 2020-2025.
Đại tướng Ngô Xuân Lịch nhấn mạnh, với ý chí quyết tâm chính trị cao, sau đại hội, cấp uỷ, chỉ huy các cấp cần tập trung lãnh đạo, chỉ đạo, tổ chức chặt chẽ việc quán triệt triển khai thực hiện Nghị quyết và Chương trình hành động của Đại hội đại biểu Đảng bộ Quân đội lần thứ XI, đưa Nghị quyết vào cuộc sống.
Thành công của Đại hội đại biểu Đảng bộ Quân đội lần thứ XI sẽ góp phần vào thành công của Đại hội lần thứ XIII của Đảng và là động lực cổ vũ mạnh mẽ để toàn quân nỗ lực phấn đấu vươn lên, thực hiện thắng lợi mọi nhiệm vụ được giao, góp phần cùng toàn Đảng, toàn dân xây dựng và bảo vệ vững chắc Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa, là dấu mốc quan trọng của một thời kỳ phát triển mới của Quân đội.
Tại Đại hội, Thiếu tướng Nguyễn Văn Đức, Cục trưởng Cục Tuyên huấn đã đọc thư Đại hội gửi cán bộ, chiến sĩ toàn quân.